Dockerを使ってLEfSeを超簡単に実行する
16S rRNAアンプリコンシーケンシングによる菌叢解析をする際、relative abundanceの群間の検定には、多くの論文でLEfSeが使われています。
LEfSeのインストールは、一昔前はそれなりに大変で、こんな記事を書いたりしたものです。
pediatricsurgery.hatenadiary.jp
久しぶりにローカルで動かそうと思ったのですが、そういえばどこかでDockerイメージができたって書いてあったなと思って、探してみたらありました。
ちょっとつまづいたところもありましたが、めちゃくちゃ簡単で感激したので、備忘録を残しておきます。ちなみにDockerとは、この記事あたりがわかりやすいですかね。
続きを読むLIPID MAPSによる脂質の分類の階層テーブルを作成する
はじめに
脂溶性代謝物の解析をしており、いろいろと調べています。脂質の分類には古典的にはBloorの分類というものがあるようですが、この分類には当てはまらない物質も数多く存在するため、あまり厳密ではないようです。
どうやら、最近ではLIPID MAPSという脂質の骨格に基づいた8分類が使われており、この論文でも使用されていました。
どの脂質がどの分類に当てはまるかは、ざっと調べたところ、テーブルファイルにはなっていなくて、LIPD MAPSのウェブサイトにhtmlファイルとして掲載されているだけでした。いちいちクリックしないと階層が表示されないし、このままでは解析には到底使えないので、テーブルをファイルを作成してGitHubに共有しました。
間違いなどがあっても困るので、作成方法なども含めて記事にしておきます。
続きを読むSeleniumでNCD検索システムから全経験手術症例を1つのCSVファイルに抽出する
はじめに
とある事情により、自分の経験症例数を算出する必要がありました。一般外科医であれば、自分の登録症例はすべてNCDに登録されていると思います。自分の経験症例を検索するにはNCD検索システムにアクセスする必要があります。
手術症例数の件数表示は、施設別、術式別、術者別に一覧表示できるのですが、ここで大きな問題が。
- 施設・術者・術式の複数を組み合わせたフィルタリングができない
- 手術は20件ずつ表示されて、それ以上の設定はできない
というクソ仕様になっていました。NCDには術者助手に関わらず、自分が入った手術がカウントされていると思いますが、自分が術者として執刀したそれぞれの手術のカウントをするには、20件ずつクリックしてカウント、もしくはExcelにコピペしていなきゃいけないということになります。1500件近くあったので、この作業を75回も繰り返すのは嫌だ！
たまらずNCDの事務局にCSVなどで自分の経験症例を一括ダウンロードできないものかと問い合わせましたが、秒でだめですと返信が返ってきました。というわけで、せっかく勉強したのでPythonとスクレイピングしてやりましょう。
CSVでリストが手に入れば後は、Rでいかようにも料理できますので。
続きを読むSeleniumとPythonでスクレイピングをやるために必要な準備
鈍的肝腎脾損傷における早期離床の安全性
はじめに
October 20, 2008
Safety of Early Mobilization of Patients With Blunt Solid Organ Injuries
Jason A. London, MD, MPH; Lisa Parry, BS; Joseph Galante, MD; et al
Arch Surg. 2008;143(10):972-976. doi:10.1001/archsurg.143.10.972
だいぶ昔の抄読会で作った資料を読み返す機会があったので、せっかくなので記事を作ってみました。
前任地では、血行動態が安定した腹部鈍的外傷に関しては、bed rest protocolで加療していました。基本的には2週間の床上安静の後、腹部造影CTで評価してから離床を始めるというマネジメントだったのですが、3週間前後の入院期間となり、患児や家族にとって大きな負担となっており、入院期間をもう少し短くすることができないか、調べてみました。
割と興味があって昔いろいろとまとめたのも思い出しました。
続きを読むロイガヴェーグルトレッキングに実際に行ってわかったこと
7月の第1週、ちょっと早めに夏休みをとってアイスランドに行ってきました。Laugavegur (ロイガヴェーグル) というルートでトレッキングをするというのが一番の目的でした。実は海外トレッキングをする際にいつも参考にさせてもらっているブログがあるのですが、そこでベスト1のトレッキングルートだと紹介されていたので、いても立ってもいられず行ってきました。こういうのに本当に弱い。
Laugavegur自体の素晴らしさや詳しい情報は、Trail Travelersさんをはじめ、いろいろなところにまとめられているのでそちらを参照してください (記事の最後にまとめています)。
さて。このブログでお伝えしたいことは実際に行ってわかったことや、行く前にわからなくて困ったこと、ちょっとしたアドバイスをお伝えします。
続きを読む学会発表で悩めるMacユーザーに贈る、Windows PCで確実にプレゼンする方法
はじめに
Macユーザーの皆さんは学会でのプレゼンテーションはどうしていますでしょうか？
1つの解決策としてはWindowsとの共用フォントを使えばいいのだと思いますが、Windowsで最適とされるフォントの組み合わせがMacでうまいこと使えなかったり、そもそも宗教上の理由でヒラギノしか使えないという僕みたいな人も一定数いるのではないかと思います。
あとはPDFしちゃえばいいじゃんという声も聞こえてきそうですが、少なくとも医学系の学会ではPDFでのプレゼンテーションはみとめられていないことが多いと思います。
フォントの埋め込み
尚、Macにしか入っていないフォントをpptファイルに埋め込んで、Windows PCで開けるようにする という方法もあります。ここらへんは 伝わるデザイン に詳しく記載されているのですが 、残念ながら
実はWindows版のPowerPointにはファイルに「フォントを埋め込む」という機能があります。この機能を使えば、どのパソコンでも自分の好きなフォントでプレゼンすることができます。 この方法は、Windows版のPowerPointでのみ使える方法ですのでご注意ください。
ということで、MacのPowerPointでは使えないようです。
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