Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

2016-10-01から1ヶ月間の記事一覧

LEfSeを実際にやってみる

実際にやってみる biobakery / biobakery / wiki / lefse — Bitbucket サンプルファイルをsample input fileからダウンロードします。なぜか名前が129になっているので注意して下さい。このファイルの概要を書いておくと。

LEfSeをインストールする

はじめに LEfSeとは簡単に言うと多重検定を考慮した解析を行ってくれるツールです。bioBakeryから使うこともできますし、webアプリケーションのGalaxyから使うこともできますが、最近、コチラは不安定なことが多いような気がします。 本当は僕もwebアプリケ…

小児固形腫瘍の腫瘍マーカー

はじめに 小児固形腫瘍では、腫瘍マーカーが診断においても非常になってきます。成人固形腫瘍とはやや感覚が違うような印象もあります。あまり横断的に勉強することは少ないので、まとめておきます。少しずつ追記していきます。

bioBakeryのインストール

はじめに こちらのマニュアルを参考に進めていきます。 必要なソフトのインストール 1. VirtualBox VirtualBoxをインストールします。リンク先から.pkgファイルをダウンロードしてダブルクリックします。VirtualBoxは無料の仮想化ソフトです。自分の中にまた…

日本のダブルスペース、海外のダブルスペース

はじめに Facebookでとある先生が「日本のダブルスペースの設定と海外のダブルスペースの設定が違うことを知らない人が多い」という旨の投稿をしたのが友人経由で流れてきました。正直、寝耳に水でした。 これはと思い、一流誌に載った論文を多数持つラボの…