はじめに HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか？ということを明らかにするためのパイプラインです。16SrRNAアンプリ…

Interleukin-17, Produced by γδ-T Cells, Contributes to Hepatic Inflammation in a Mouse Model of Biliary Atresiaand is Increased in Livers of Patients. www.ncbi.nlm.nih.gov

0. はじめに 肺分画症を手術する際に最も重要なことは、血管の走行を可能な限り把握し、予期せぬ血管損傷のリスクを最小限に留めておくことと考えられます。しかしその血管走行は単純ではありません。先日、肺葉内肺分画症の血管走行に関して議論があり、復…

久しぶりの更新で、いろいろな記事が途切れ途切れになっていますが、これからも少しずつマイペースにやっていきます。さて、Macユーザー待望のOffice for Mac 2016がリリースされました。 http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1507/10/news060.html">htt…

はじめに www.ncbi.nlm.nih.gov 次世代シーケンサーの普及により腸内細菌叢の解析が進み、新生児期から乳児期を経て成人型に腸内細菌叢がどの様に変化し、免疫システムの構築、アレルギー疾患をはじめとした免疫システムの異常に伴う疾患との関係性が少しず…

はじめに 論文を読んでいてわからない単語が出てくると、みなさんどうしてますか？僕はMacのスクリーンで読むことがほとんどなので、三本指でタップすれば辞書.appが自動的に立ち上がってくれますが、専門用語だと載っていないことも多いです。 僕はアルクの…

0. はじめに エラーバーについて書いていこうと思います。エラーバーとは何かというと、棒グラフや折れ線グラフについているエ字の棒です。かっこいいグラフにはよくついているやつですが、きちんと意味を知っていることが非常に大切なことだと思いますので…

学会とかで「多変量解析すると〜」などと言うとなんかもの凄い発表の様に聞こえますよね…臨床をやっているときはあまり大きなデータで発表したことなかったのですが ( 小児外科の宿命として多変量解析に耐えられるだけの症例数が集まらないことが多い ) 、臨…

0. はじめに 次世代シーケンサーのmiSeqを使用したmeta16Sのrunが終わったので、それを解析するための環境を整えていきます。Mac OS X Yosemite 10.10です。京都大学 東京大学 ( だいぶ前に以前のブログで指摘していただいていたようです、大変失礼しました )…

メトロニダゾール(フラジール®)は水に溶けにくい薬剤です。マウスに溶解させたメトロニダゾールを経口投与したかったのですが、なかなか難しそう。酢酸などでpHを調整すると溶解できるようですが、酢酸自体も腸内細菌に影響を与えてしまうため、なるべく水が…

www.ncbi.nlm.nih.gov J Microbiol Methods. 2006 Feb;64(2):207-16. Epub 2005 Jun 27. Quenching of microbial samples for increased reliability of microarray data. Pieterse B1, Jellema RH, van der Werf MJ. 糞便中のRNAをなるべく安定して抽出する…