Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

2015-01-01から1ヶ月間の記事一覧

MacQiimeのインストール

0. はじめに 次世代シーケンサーのmiSeqを使用したmeta16Sのrunが終わったので、それを解析するための環境を整えていきます。Mac OS X Yosemite 10.10です。京都大学 東京大学 ( だいぶ前に以前のブログで指摘していただいていたようです、大変失礼しました )…

メトロニダゾールの懸濁法

メトロニダゾール(フラジール®)は水に溶けにくい薬剤です。マウスに溶解させたメトロニダゾールを経口投与したかったのですが、なかなか難しそう。酢酸などでpHを調整すると溶解できるようですが、酢酸自体も腸内細菌に影響を与えてしまうため、なるべく水が…

J Microbiol Methods.: 細菌検体の急冷処理でマイクロアレイデータの信頼性は上昇する 

www.ncbi.nlm.nih.gov J Microbiol Methods. 2006 Feb;64(2):207-16. Epub 2005 Jun 27. Quenching of microbial samples for increased reliability of microarray data. Pieterse B1, Jellema RH, van der Werf MJ. 糞便中のRNAをなるべく安定して抽出する…