1. はじめに OPLS-DAを行う際の強力なツールとして、パッケージroplsの使い方をまとめていきます。OPLD-DAだけでなく、PCA、PLS(-DA)，OPLSも行うことができ、R2とQ2によるquality metrics、permutation diagnosis、VIP valuesの計算、外れ値を計測するため…

1. はじめに メタボローム解析を行う際に重要な解析方法である、PLS: 部分最小二乗法についてまとめてみました。参考サイトは8. 参考を見て下さい。

1. はじめに 実験データを扱う時に欠損値が出てしまうことはよくあると思います。欠損値を除いて解析をしたりすることも多いと思いますが、どうしても欠損値を含むデータを使用しなければいけないこともあると思います。欠損値を補完する方法はいろいろと開…

はじめに Cytoscapeはネットワーク解析を行う際に非常に強力なツールとなりますが、いかんせんポチポチ操作するのが冗長。Cytoscapeに放り込むファイルはRから作ることが多いので、なんとかRとCytoscapeを連携することができないか？と探してみると、いくつ…

1. 定義 狭義の定義 気管支性肺嚢胞 肺葉内肺分画症 先天性嚢胞性腺腫様奇形 ( congenital cystic adenomatoid malformation: CCAM ) 胸膜直下の気腫性嚢胞 ( ブラ、ブレブなど )

Twitterでフォローしていつも勉強させていただいている先生のtweetで印象深いものがあったので、引用させていただきます。 さらば、P値。理由は再現性の欠如。サンプルサイズがよほど巨大でもない限り、たとえ同様の研究を繰り返したところで、得られるP値は…

Hirschsprung病の病理 神経節細胞 ( 壁内神経叢 ) の欠如 漿膜あるいは外膜側から粘膜固有層まで壁全層にわたる異常な神経線維束の増生

0. はじめに 今回の記事では多重検定について調べてまとめたことを中心に書いていきます。多重検定については下記の2つのサイトが大変わかりやすく、参考にさせていただきました。 Bonferroni法、Holm法、False Discovery Rate | 大阪大学腎臓内科 DNAマイク…