16S rRNAアンプリコンシーケンシングによる菌叢解析をする際、relative abundanceの群間の検定には、多くの論文でLEfSeが使われています。 galaxyproject.org LEfSeのインストールは、一昔前はそれなりに大変で、こんな記事を書いたりしたものです。 pediatr…

はじめに 脂溶性代謝物の解析をしており、いろいろと調べています。脂質の分類には古典的にはBloorの分類というものがあるようですが、この分類には当てはまらない物質も数多く存在するため、あまり厳密ではないようです。 ja.wikipedia.org どうやら、最近…

はじめに 時間がかかるスクリプトを走らせてる間、僕はついTwitterを見てしまうのですが、いつも処理が終わったのに気づかず、ダラダラとTwitterを見続けてしまっていました。計算が終わった時点で通知がくればいいなと思って、方法をいろいろ調べてみたので…

{omu}とは install.packages("omu") library(omu) omuはメタボロミクスデータセットの迅速な解析と直感的なグラフ作成を可能にするRパッケージです。統計解析はもちろんできますが、データセット内の代謝物に代謝物クラス (炭水化物、脂質など) を割り当て、…

システム環境設定からiCloudにサインインすると、"不明なエラーが起きました" もしくは “An unknown error occurred” と出てログインできなくなるという問題が生じました。環境は MacOS 10.15 MacBook (12inch) 2017 late です。ちなみにブラウザからiCloud…