mothur開発者によるmothurとQIIMEの比較
0. はじめに
mothurもQIIMEも16S rRNAアンプリコンシーケンシング解析 ( 俗に言う菌叢解析 ) をするために使用するアプリケーションのうち、最も有名な2大アプリケーションです。
この記事はもともと ( よくわからず ) QIIMEを使っていた僕が、ラボの先輩が使っていたmothurに興味を持って、その違いを勉強するためにまとめたものです。mothur and QIIMEの記事を拙い知識と英語力で和訳して、一部端折ってまとめただけなので、間違いなどがあれば教えていただければと思います。ちなみにこの記事自体はThe mothur blogというブログ名からも明らかな様に、mothurの開発者が記載したもののようですので、結論ではmothurとQIIMEの違いは整容的な問題くらいだ、と言いながら、特にOTU pickingなんかのところではQIIMEをケチョンケチョンにこき下ろしているのが面白い。
これを読んでmothur勉強してみようかな?と思いました。Rの{ggplot2}で視覚化は十分にできるようになったので、今更特にQIIMEは必要ないですし、QIIME2はいろいろと面倒くさいという噂を聞きますし…。
ちなみに2017年11月段階での引用数を比べてみると
とQiimeの方が上回っているようですね。それにしてもQIIMEはnatureだったんだ、恥ずかしながら知らなかったです。
続きを読むRで全角英数記号を半角にするのに{stringi}が役に立った話
はじめに ( 愚痴 )
仕事がらあまりデータ解析をしない人からExcelファイルをもらうことが多く、自分が扱いやすいデータにするための処理が実は解析の中で一番大変だったりします。もちろんExcelの生データをExcelを使って処理してしまえばそんなに大変ではないのですが、インフォマのはしくれとして御法度としています。解析のreoproducibilityというのは昨今の大きなテーマではありますが、後から見てどこをどう変更したのかが可視化できないデータの処理の仕方は、再現性を保証できませんし、何より後で自分が困ります。
なので、Rでスクリプトを書いてExcelを処理するのですが、その中の1つの大きな障壁が " 表記の揺れ " だと思います。半角と全角が混在する、大文字と小文字の使い方がバラバラなどなど。例えば、下でも書きますが AST(GOT )みたいな記載が実際あるんですよ、うちの電子カルテから血液検査の結果を引っ張ってくるとそうなるんです。
そういうデータを作る人って本当に美的感覚がどうにかしてる ( 電子カルテだからプログラマーが関与してるはずなんだが ) 。
前置きが長くなりましたが、今回は全角と半角が混在したデータを半角のみに変換する方法をまとめてみました。久保先生のサイトでも話題になっていますが、割とめんどうくさいようですね。結論からいうと@yutannihilationさんから教えていただいた、stringi::stri_trans_nfkc()がベストだと思います。
続きを読むジョージア旅情報: ワインの郷・カヘティ地方の情報
ジョージアワインを堪能すべくカヘティ地方へワイナリーを訪れる際の情報をまとめておきます。日本語の情報はあまりなかったので、お役に立てるかと思います ( 2017年9月の情報です ) 。ちなみにカヘティ地方のワイナリーの素晴らしさについては下記の記事を参照してください。
pediatricsurgery.hatenadiary.jp
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ジョージア旅情報: ジョージアのワイナリーを巡る
ジョージアのワイナリーのワイン。めちゃくちゃ美味しかったので、ジョージアを訪れた際はなにがなんでも時間を作って行ってほしいです。
ジョージアがワイン発祥の地だということは有名だと思います。安宿でもワインが無料で振る舞われたりと、ワインが身近にあるのだということは知られていると思いますが、ワイナリーに関する情報が意外と少なくちょっと苦労しました。自分の経験を踏まえて情報まとめましたのでお役に立てればと思います。
1つはトビリシ市内にあるワイナリーの販売店。あと2つはジョージアのワインの名産地でもあるカヘティ ( Kaheti ) 地方のクヴァラリ ( Kvarali ) というワイナリー。おすすめです。ちなみにいずれもTripAdvisorで高評価だったところを回っただけですが…。
カヘティ地方へのアクセス・宿・レストランの情報はこちらの記事を参照してください
pediatricsurgery.hatenadiary.jp
続きを読む備忘録: 新しいMacを購入した時に
MacBook 12 inchを購入しました。今まで使用していたMacBook Pro 13 inch 2014をそのままコピーしても良かったのですが、怪しげなアプリケーションをたくさんインストールしてしまっているので、イチから環境設定をしてみます。完全に自分の備忘録で、次にクリーンインストールした時のために。最近は殆どの機能をウェブアプリにまかせているので、割と少なめ。
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