Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

備忘録: 新しいMacを購入した時に

MacBook 12 inchを購入しました。今まで使用していたMacBook Pro 13 inch 2014をそのままコピーしても良かったのですが、怪しげなアプリケーションをたくさんインストールしてしまっているので、イチから環境設定をしてみます。完全に自分の備忘録で、次にクリーンインストールした時のために。最近は殆どの機能をウェブアプリにまかせているので、割と少なめ。

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{dplyr}のパイプの中でNAを0に置換する

Rにおいて欠損値NAを0に変換するのは、Rを覚えたての頃につまづくことのうちの1つじゃないかと思います。いろいろ方法はあると思いますが、{dplyr}を使ってパイプの中で処理をする方法はあまり見つからなかったので、まだまだビギナーの自分にとっては結構大きい知見だったので共有しておきます。あまり大した知識ではないですし、常識なのかもしれないけど。

1. パイプ演算子を使わない方法

恐らく、パイプ演算子を使わないのならばこの方法が一番楽かと思います。

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小児外科研修をはじめた人に贈りたいおすすめ参考書

小児外科

標準小児外科学 第7版 (Standard textbook)

標準小児外科学 第7版 (Standard textbook)

おすすめ度 ☆☆☆☆☆ 小児外科専門医の筆記試験に合格するためには、これを丸一冊暗記すれば受かると言われて一生懸命読みました。確かに臨床上、最低限必要なことは記載されていますし、しっかりした本だと思います。ただ和書では系統小児外科学 の方が記載が多く内容も充実しており捨てがたいところですが、どうせ成書を買うなら下記のPediatric Surgeryを買った方がいいのでは?と思っています。

スタンダード小児外科手術

スタンダード小児外科手術

Operative Pediatric Surgery, Seventh Edition

Operative Pediatric Surgery, Seventh Edition

Pediatric Surgery, 2-Volume Set: Expert Consult - Online and Print, 7e

Pediatric Surgery, 2-Volume Set: Expert Consult - Online and Print, 7e

  • 作者: Arnold G. Coran MD,N. Scott Adzick MD,Thomas M. Krummel MD,Jean-Martin Laberge,Robert Shamberger,Anthony Caldamone MD
  • 出版社/メーカー: Mosby
  • 発売日: 2012/02/28
  • メディア: ハードカバー
  • この商品を含むブログを見る

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ggplot2で開始と終了がある期間データを帯グラフで表現する

はじめに

今度の学会で外来患者の長期フォローアップをまとめて発表します。そこでggplot2で開始日付 ( 初診日 ) と終了日付 ( 最終受診日 ) のあるデータの期間を、帯グラフで表現したかったのですが、日本語でのまとまった記事がなかったので書いてみました。StackOverflowの記事から参考に書きます。

stackoverflow.com

最終的にはこのようなグラフを書けることを目標にします。結論からするとgeomline()で普通にかけるんですが…すみません。

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{KEGGREST}でKEGG pathwayのどのorthologyに差があるのか調べる

はじめに

だいぶ時間が経過してしまいましたが、前回、こんな記事を書きました。

pediatricsurgery.hatenadiary.jp

PiphillinなどでpathwayやKEGG orthologyの予測メタゲノムデータを得た後の解析は多々あると思いますが、変動しているpathwayの中で自分に興味深いものがあったとします。その中で、どこの遺伝子が実際に動いているのか?ということを明らかにする方法を記事にしてみたいと思います。

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