Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

Rパッケージのtabulizerをインストールするのにえらく苦労した話

0. はじめに

とあるテーブルデータを依頼したらPDFファイルで届いたということはよくあることだと思います。PDFをtableファイルに変換する方法はいろいろあると思いますが、手軽なのはアップロードしてくれると.xslxや.csvに変換してくれる、PDFTableでしょうか?

pdftables.com

このサイトも使いやすくはあるのですが、少し変換結果がイマイチだったのと、複数のファイルがあったのでやっぱりRで変換したいと思っていました。パッケージの{tabulizer}を使えばできるようです。Qiitaの記事でもこの熱の入れよう。

qiita.com

僕の勇んでインストールしようとしたところ、エラーが出てまったく動かず。数時間かけてようやくインストールできました。手当たり次第Google先生に聞いて、何とかインストールできました。なぜインストールできたのかはよくわからないのですが、困っている人は参考にしていただければと思います。結構いるのでは?

ちなみに当方、macOS High Sierra 10.13.5の環境です。

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2-1. 緑本とggplot2: カウントデータとポワソン分布

0. はじめに

統計モデリングを勉強したくて、Twitterのフォロワーさん方絶賛の久保先生の通称 " みどりぼん " を読んでみました。もちろんそのままでもわかりやすいのですが、データから自分でグラフを作っていくと、より理解が深まると思いました。せっかくなので本編では使われていなかった{ggplot2}を使って、グラフを描くコードを書いていろいろと復習してみました。まずは第二章の確率分布と統計モデルの最尤推定から。

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小児水腎症の評価のための利尿レノグラム

1. 特徴

  • 利尿負荷後のレノグラムのパターン ( washout curve ) によって閉塞の有無や程度を評価する
    • 通常のレノグラフィでは軽度の水腎症でもレノグラムのカーブは閉塞パターンを示してしまうことが多いため利尿負荷をかける
  • 分腎機能と尿路通過障害の評価を行うために重要な検査
  • 再現性のある評価を行うためには適切なプロトコールが重要
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ggplot2でviolin plotとdotplotの両方で可視化する

今回はこんな感じのグラフを描けるようになることを目標にします。

f:id:Razumall:20180304101441p:plain

0. はじめに

第68回TokyoRは盛況に終わったようです。地方都市に住んでいる自分はなかなか参加できず ( ドタキャンして大変申し訳ありません ) 、運営のみなさんが流してくださったツイキャスやスライドなどを見て勉強しております。Togetterにもまとめられています。

togetter.com

さて、データの可視化の話題でgeom_violinの話になった時に、@yutanihilationさんが呟いていたグラフが気になったのです。

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興味のある遺伝子を他のどんな種類の細菌が保有しているかBLASTNと{rentrez}を使って調べる

0. はじめに

ここでは興味を持った細菌の遺伝子、もしくは遺伝子配列を、どんな種類の他の細菌が持っているのかを知りたい時にやってみたことをまとめておきます。

  1. KEGGNCBIでシーケンスを取得
  2. BLASTNで検索
  3. Rの{rentrez}で情報を整理

という感じになります。

尚、この記事を書くに当たってはTwitter@sai_kai_csさんにめちゃくちゃ助けてもらいました。ありがとうございます。

例としてフラクオリゴ糖という糖を分解するのに必要な酵素である beta-fructofuranosidase ( K01193 ) を使っていきます。これはもともとBifidobacteriumなどが多く有することがわかっております。ここでは、論文などを読んでBifidobacterium breve UCC2003というstrainの持つbeta-fructofuranosidaseに興味を持ったとします。そこでBifidobacterium breve UCC2003以外のstrain、もしくは他のspeciesで、beta-fructofuranosidaseの遺伝子を有する細菌がいないか、調べる方法を記載してみます。

この記事では既知の遺伝子の配列を使っていますが、配列さえ同定できていれば、自分で同定した未知の遺伝子でも同じワークフローで検索できると思います。

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