Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

{KEGGREST}でKEGG pathwayのどのorthologyに差があるのか調べる

はじめに

だいぶ時間が経過してしまいましたが、前回、こんな記事を書きました。

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PiphillinなどでpathwayやKEGG orthologyの予測メタゲノムデータを得た後の解析は多々あると思いますが、変動しているpathwayの中で自分に興味深いものがあったとします。その中で、どこの遺伝子が実際に動いているのか?ということを明らかにする方法を記事にしてみたいと思います。

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脂肪酸と新生児の消化吸収

新生児における脂質の消化吸収

  • 糖質・たんぱく質より消化吸収能が未熟
  • 正期産時で10-15%、早産児 ( 32-34 ) で25-35% が吸収できず排泄される
  • 成人並になるのは生後数ヶ月経過してから
  • 原因は
    • 胆汁酸のプールが少ない = 胆汁酸そのものが少ない
    • 膵リパーゼ活性が少ない
      • 成人の1/10以下
      • 新生児では唾液リパーゼが主な役目を果たす
      • お乳中の母乳胆汁酸活性リパーゼも関与する
  • 新生児・特に未熟児ではMCTの方が消化吸収に有利
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16S rRNA遺伝子解析の限界と予測メタゲノム解析 - Piphillinの導入

16S rRNA遺伝子解析の限界

16S rRNA遺伝子解析 ( 個人的には16S rRNA gene amplicon sequencingが正しい用語だと思っています )の発達と普及によって腸内細菌叢の研究は飛躍的に進み、今まで知りえなかった腸内細菌という臓器に関する新たな知見をたくさん生み出してきました。しかし16S rRNA遺伝子解析で直接わかるのは菌の構成割合だけで、それがどう宿主に作用しているのか?ということまでは明らかにすることができません。

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ELISAの測定結果をRで計算する 2. {drc}のインストールとGitHubからのデータのダウンロード

はじめに

それでは、4パラメーターロジスティック曲線を描いて、回帰式からELISAの値を算出する、その前の下準備です。前回記事の続きです。

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ELISAの測定結果をRで計算するために4パラメーターロジスティック曲線を使うまでの道のりで必要な、パッケージをインストールし、GitHubにアップロードされたcsvファイルをRに取り込むところまでの方法を今回さらっと書きます。

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ELISAの測定結果をRで計算する 1. 4パラメーターロジスティック曲線とは

ELISAの測定結果を求める時に、どうやっても検量線のR2が0.9前後になってしまって、なかなかいい値が出なくて困っていた時がありました。そもそもELISAの検量線はどう回帰させれば良いのか、実験を始めた当初はよくわかっていなかったので、同じ様な疑問を持っている方の1つの解決策になればと思って記事を書きます。

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