Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

小児水腎症の評価のための利尿レノグラム

1. 特徴

  • 利尿負荷後のレノグラムのパターン ( washout curve ) によって閉塞の有無や程度を評価する
    • 通常のレノグラフィでは軽度の水腎症でもレノグラムのカーブは閉塞パターンを示してしまうことが多いため利尿負荷をかける
  • 分腎機能と尿路通過障害の評価を行うために重要な検査
  • 再現性のある評価を行うためには適切なプロトコールが重要
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ggplot2でviolin plotとdotplotの両方で可視化する

今回はこんな感じのグラフを描けるようになることを目標にします。

f:id:Razumall:20180304101441p:plain

0. はじめに

第68回TokyoRは盛況に終わったようです。地方都市に住んでいる自分はなかなか参加できず ( ドタキャンして大変申し訳ありません ) 、運営のみなさんが流してくださったツイキャスやスライドなどを見て勉強しております。Togetterにもまとめられています。

togetter.com

さて、データの可視化の話題でgeom_violinの話になった時に、@yutanihilationさんが呟いていたグラフが気になったのです。

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興味のある遺伝子を他のどんな種類の細菌が保有しているかBLASTNと{rentrez}を使って調べる

0. はじめに

ここでは興味を持った細菌の遺伝子、もしくは遺伝子配列を、どんな種類の他の細菌が持っているのかを知りたい時にやってみたことをまとめておきます。

  1. KEGGNCBIでシーケンスを取得
  2. BLASTNで検索
  3. Rの{rentrez}で情報を整理

という感じになります。

尚、この記事を書くに当たってはTwitter@sai_kai_csさんにめちゃくちゃ助けてもらいました。ありがとうございます。

例としてフラクオリゴ糖という糖を分解するのに必要な酵素である beta-fructofuranosidase ( K01193 ) を使っていきます。これはもともとBifidobacteriumなどが多く有することがわかっております。ここでは、論文などを読んでBifidobacterium breve UCC2003というstrainの持つbeta-fructofuranosidaseに興味を持ったとします。そこでBifidobacterium breve UCC2003以外のstrain、もしくは他のspeciesで、beta-fructofuranosidaseの遺伝子を有する細菌がいないか、調べる方法を記載してみます。

この記事では既知の遺伝子の配列を使っていますが、配列さえ同定できていれば、自分で同定した未知の遺伝子でも同じワークフローで検索できると思います。

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{vegan}を使った菌叢解析の階層的クラスター分析とクラスタリング

0. はじめに

菌叢解析をしているとUnifrac distanceなどを計算して、各被験者の菌叢の全体像を被験者間で比較する必要 ( Beta diversity ) があると思います。またその全体像に違いがあった時に同じようなグループをまとめて1つのグループとして扱いたいときがあると思います。そんな時に必要になる手順をまとめてみました。具体的には階層的クラスター分析と{cutree}によるクラスタリングについてまとめてみました。参考になればと思います。

基本的にはRのパッケージ{vegan}のtutorialを参考にして書いています。このtutorialはRで菌叢解析をするなら読んでおいて損はないと思います。

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Word 2016でEndNoteのツールバーが消えた時の対応

論文を書こうと思ってWordを開いてたら、いつの間にやらEndnoteとの連携が解除されていました。実は今までも同じようなことがあって、何度も検索を繰り返しているので、備忘録代わりにメモしておきます。何か不安定ですよねーWordとEndNote。

結論から言うと、Word Version 16.XXは現段階ではEndnoteのCWYW ( Cite While You Write ) に対応していないようです。

まずは僕の環境を書いておきます。

MacBook Pro (Retina, 13-inch, Early 2015)
macOS High Sierra Version 10.13
Microsoft Word Ver 16.8
EndNote X7.7.1
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