ジョージア旅情報: ウシュグリトレッキング ( 前編 )
メスティアでは丘の上の十字架を見に行くトレッキングが日本人に人気なようですが、メスティアからウシュグリ村までトレッキングするコースもあって、ヨーロッパの人たちには割と人気なようです。
ウシュグリ村は記事にもあるように、ヨーロッパ最後の秘境と言われていて、その謳い文句だけでも行ってみてくなってしまいました。またウシュグリ村は旅行人のコーカサス特集の表紙にもなっている街です。
旅行人163号特集コーカサス〜アゼルバイジャン+アルメニア+グルジア
- 作者: 蔵前仁一,石井光太,渡邉義孝,松尾よしたか,田中真知
- 出版社/メーカー: 旅行人
- 発売日: 2010/12/01
- メディア: 雑誌
- 購入: 4人 クリック: 30回
- この商品を含むブログ (4件) を見る
途中、氷河を間近で見れたり、高山植物が綺麗だったり、トレッキングコースとしてはかなりおすすめです。本来は4日間のコースで ( 僕は2日で完遂しましたが笑 ) 4日間かければトレッキングとしても簡単な部類に入ります。
続きを読むRパッケージのtabulizerをインストールするのにえらく苦労した話
0. はじめに
とあるテーブルデータを依頼したらPDFファイルで届いたということはよくあることだと思います。PDFをtableファイルに変換する方法はいろいろあると思いますが、手軽なのはアップロードしてくれると.xslxや.csvに変換してくれる、PDFTableでしょうか？
このサイトも使いやすくはあるのですが、少し変換結果がイマイチだったのと、複数のファイルがあったのでやっぱりRで変換したいと思っていました。パッケージの{tabulizer}を使えばできるようです。Qiitaの記事でもこの熱の入れよう。
僕の勇んでインストールしようとしたところ、エラーが出てまったく動かず。数時間かけてようやくインストールできました。手当たり次第Google先生に聞いて、何とかインストールできました。なぜインストールできたのかはよくわからないのですが、困っている人は参考にしていただければと思います。結構いるのでは？
ちなみに当方、macOS High Sierra 10.13.5の環境です。
2-1. 緑本とggplot2: カウントデータとポワソン分布
0. はじめに
統計モデリングを勉強したくて、Twitterのフォロワーさん方絶賛の久保先生の通称 " みどりぼん " を読んでみました。もちろんそのままでもわかりやすいのですが、データから自分でグラフを作っていくと、より理解が深まると思いました。せっかくなので本編では使われていなかった{ggplot2}を使って、グラフを描くコードを書いていろいろと復習してみました。まずは第二章の確率分布と統計モデルの最尤推定から。
データ解析のための統計モデリング入門――一般化線形モデル・階層ベイズモデル・MCMC (確率と情報の科学)
- 作者: 久保拓弥
- 出版社/メーカー: 岩波書店
- 発売日: 2012/05/19
- メディア: 単行本
- 購入: 16人 クリック: 163回
- この商品を含むブログ (29件) を見る
ggplot2でviolin plotとdotplotの両方で可視化する
今回はこんな感じのグラフを描けるようになることを目標にします。
0. はじめに
第68回TokyoRは盛況に終わったようです。地方都市に住んでいる自分はなかなか参加できず ( ドタキャンして大変申し訳ありません ) 、運営のみなさんが流してくださったツイキャスやスライドなどを見て勉強しております。Togetterにもまとめられています。
さて、データの可視化の話題でgeom_violinの話になった時に、@yutanihilationさんが呟いていたグラフが気になったのです。
geom_flat_violin()がちょっと前に話題でしたね。 https://t.co/EXeDYkmUqO #TokyoR
— Hiroaki Yutani (@yutannihilation) 2018年3月3日
続きを読むGreat figure! I was inspired to do a little playing around, with a helpful 'flat violin' geom from @drob. #rstats #iris #dataviz #ShowTheData pic.twitter.com/pUaZ1IH85a
— Joey Burant (@jbburant) 2018年2月20日
興味のある遺伝子を他のどんな種類の細菌が保有しているかBLASTNと{rentrez}を使って調べる
0. はじめに
ここでは興味を持った細菌の遺伝子、もしくは遺伝子配列を、どんな種類の他の細菌が持っているのかを知りたい時にやってみたことをまとめておきます。
という感じになります。
尚、この記事を書くに当たってはTwitterで@sai_kai_csさんにめちゃくちゃ助けてもらいました。ありがとうございます。
これは、keggのDBを間違えているか(右の箱をnr-ntにしていればOK)、keggのnrのversionの違いかと思います。
— nishi (@sai_kai_cs) 2018年1月9日
nrであるならばどっちもほぼおなじだと思うので、どちらでもよいかと…
例としてフラクトオリゴ糖という糖を分解するのに必要な酵素である beta-fructofuranosidase ( K01193 ) を使っていきます。これはもともとBifidobacteriumなどが多く有することがわかっております。ここでは、論文などを読んでBifidobacterium breve UCC2003というstrainの持つbeta-fructofuranosidaseに興味を持ったとします。そこでBifidobacterium breve UCC2003以外のstrain、もしくは他のspeciesで、beta-fructofuranosidaseの遺伝子を有する細菌がいないか、調べる方法を記載してみます。
この記事では既知の遺伝子の配列を使っていますが、配列さえ同定できていれば、自分で同定した未知の遺伝子でも同じワークフローで検索できると思います。
続きを読む{vegan}を使った菌叢解析の階層的クラスター分析とクラスタリング
0. はじめに
菌叢解析をしているとUnifrac distanceなどを計算して、各被験者の菌叢の全体像を被験者間で比較する必要 ( Beta diversity ) があると思います。またその全体像に違いがあった時に同じようなグループをまとめて1つのグループとして扱いたいときがあると思います。そんな時に必要になる手順をまとめてみました。具体的には階層的クラスター分析と{cutree}によるクラスタリングについてまとめてみました。参考になればと思います。
基本的にはRのパッケージ{vegan}のtutorialを参考にして書いています。このtutorialはRで菌叢解析をするなら読んでおいて損はないと思います。
Word 2016でEndNoteのツールバーが消えた時の対応
論文を書こうと思ってWordを開いてたら、いつの間にやらEndnoteとの連携が解除されていました。実は今までも同じようなことがあって、何度も検索を繰り返しているので、備忘録代わりにメモしておきます。何か不安定ですよねーWordとEndNote。
結論から言うと、Word Version 16.XXは現段階ではEndnoteのCWYW ( Cite While You Write ) に対応していないようです。
まずは僕の環境を書いておきます。
MacBook Pro (Retina, 13-inch, Early 2015) macOS High Sierra Version 10.13 Microsoft Word Ver 16.8 EndNote X7.7.1続きを読む
mothur開発者によるmothurとQIIMEの比較
0. はじめに
mothurもQIIMEも16S rRNAアンプリコンシーケンシング解析 ( 俗に言う菌叢解析 ) をするために使用するアプリケーションのうち、最も有名な2大アプリケーションです。
この記事はもともと ( よくわからず ) QIIMEを使っていた僕が、ラボの先輩が使っていたmothurに興味を持って、その違いを勉強するためにまとめたものです。mothur and QIIMEの記事を拙い知識と英語力で和訳して、一部端折ってまとめただけなので、間違いなどがあれば教えていただければと思います。ちなみにこの記事自体はThe mothur blogというブログ名からも明らかな様に、mothurの開発者が記載したもののようですので、結論ではmothurとQIIMEの違いは整容的な問題くらいだ、と言いながら、特にOTU pickingなんかのところではQIIMEをケチョンケチョンにこき下ろしているのが面白い。
これを読んでmothur勉強してみようかな？と思いました。Rの{ggplot2}で視覚化は十分にできるようになったので、今更特にQIIMEは必要ないですし、QIIME2はいろいろと面倒くさいという噂を聞きますし…。
ちなみに2017年11月段階での引用数を比べてみると
とQiimeの方が上回っているようですね。それにしてもQIIMEはnatureだったんだ、恥ずかしながら知らなかったです。
続きを読む