Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

肺分画症の血管走行

0. はじめに

肺分画症を手術する際に最も重要なことは、血管の走行を可能な限り把握し、予期せぬ血管損傷のリスクを最小限に留めておくことと考えられます。しかしその血管走行は単純ではありません。先日、肺葉内肺分画症の血管走行に関して議論があり、復習してみました。

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Office365のアカウント認証が上手くいかない

久しぶりの更新で、いろいろな記事が途切れ途切れになっていますが、これからも少しずつマイペースにやっていきます。さて、Macユーザー待望のOffice for Mac 2016がリリースされました。

http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1507/10/news060.html">http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1507/10/news060.html">http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1507/10/news060.html

Office365での先行リリースということだったのですが、有難いことに大学院の学生および大学病院の職員は包括ライセンス契約により、無償で使うことができます。ということで、早速ダウンロードしてインストールしてみましたが、エラーが起きてなかなか使えず難渋しましたので、その解決策を共有したいと思います。

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腸内細菌叢の成長: 生後1000日の変遷

はじめに

www.ncbi.nlm.nih.gov

次世代シーケンサーの普及により腸内細菌叢の解析が進み、新生児期から乳児期を経て成人型に腸内細菌叢がどの様に変化し、免疫システムの構築、アレルギー疾患をはじめとした免疫システムの異常に伴う疾患との関係性が少しずつ明らかになってきました。

やはり強調されているのは生後6ヶ月くらいまでの腸内細菌が重要ということで、この時期の栄養の問題や抗菌薬はインパクトが大きく、小児外科医として真剣に考えなければいけない問題だと思っています。

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わからない単語を英辞郎で検索するショートカットキーを作成する

はじめに

論文を読んでいてわからない単語が出てくると、みなさんどうしてますか?僕はMacのスクリーンで読むことがほとんどなので、三本指でタップすれば辞書.appが自動的に立ち上がってくれますが、専門用語だと載っていないことも多いです。

僕はアルク英辞郎を愛用してます。皆さんご存知の通り、専門用語でもたいていの単語は載っていますし、それよりも豊富な例文が強みで、僕は有料会員登録もしてしまいました。 ( Weblioの方が音声ファイルは充実していると思います ) 調べた単語を単語帳に片っ端から登録し、週に1回復習をしています。

前置きが長くなりましたが、ショートカットで一発で英辞郎で単語の意味を調べられないかな?と思っていろいろ調べてみたところ、Automatorを使えば比較的簡単に出来そうなことがわかったのでやってみたところうまくいきましたので紹介したいと思います。

ちなみに英辞郎Macの辞書.appに組み込むこともでき、昔は僕もそうやっていましたが、単語帳に登録できないことと、値段が高いこと、容量が1GBくらいあり、Macbook Airの容量を圧迫してしまうことから、この方法がbetterと考えます。

今回は、こちらのMacの右クリックメニューに項目を追加する方法の記事を参考させていただきました。

1. Automatorでワークフローを作成する

  1. Automatorを立ち上げる
  2. 書類の種類を選択してください→「サービス」を選ぶ

スクリーンショット 0027-04-14 20.05.33

  1. 「ユーティリティ」→「クリップボードにコピー」をドラッグ&ドロップ スクリーンショット 0027-04-14 20.06.00
  2. AppleScriptを実行」→ドラッグ&ドロップ→下記のスクリプトを入力する set aURL to "http://eowp.alc.co.jp/search?q=" & (get the clipboard) open location aURL スクリーンショット 0027-04-14 20.07.07
  3. コンテキストメニュー ( 右クリックメニュー ) に表示したい名前をファイル名にして保存 スクリーンショット 0027-04-14 20.07.34これでコンテキストメニューの「サービス」に「英辞郎で調べる」が追加されました。 スクリーンショット 0027-04-14 20.09.02

2. ショートカットの作成

「システム環境設定」→「キーボード」→「ショートカット」タブ→「サービス」→「英辞郎で調べる」で好きなショートカットを決める。僕は「control + command + E」にしてみました。 スクリーンショット 0027-04-14 20.15.32

以上になります。ちなみにコンテキストメニューからだと「サービス」を選んでからでないと「英辞郎で調べる」にアプローチできず鬱陶しいので、Macの右クリックメニューを3倍使いやすくする方法まとめ。を参考にして、改善してあります。

プレビューで論文をPDF読んでるときでも、Safariでサイト開いている時でも、コンテキストメニューもしくはショートカットキー一発で英辞郎で調べられますのでかなり快適ですよ。オススメです、ぜひともお試しあれ。ちなみにApplescriptのURLの部分を工夫すれば、どんな検索サイトにも対応可能と思います。

Automator、かなり便利なのは前々から知っていたのですが、これを機に勉強してみたいなと思いました。

エラーバーとSDとSE

0. はじめに

エラーバーについて書いていこうと思います。エラーバーとは何かというと、棒グラフや折れ線グラフについているエ字の棒です。かっこいいグラフにはよくついているやつですが、きちんと意味を知っていることが非常に大切なことだと思いますのでまとめておきます。

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多変量解析を導入するにあたって

学会とかで「多変量解析すると〜」などと言うとなんかもの凄い発表の様に聞こえますよね…臨床をやっているときはあまり大きなデータで発表したことなかったのですが ( 小児外科の宿命として多変量解析に耐えられるだけの症例数が集まらないことが多い ) 、臨床に戻って早くドヤ顔で発表ができるように頑張って行きたいと思います。

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MacQiimeのインストール

0. はじめに

次世代シーケンサーのmiSeqを使用したmeta16Sのrunが終わったので、それを解析するための環境を整えていきます。Mac OS X Yosemite 10.10です。京都大学 東京大学 ( だいぶ前に以前のブログで指摘していただいていたようです、大変失礼しました ) の味埜・佐藤研究室のページを参考にさせていただきました。

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メトロニダゾールの懸濁法

メトロニダゾール(フラジール®)は水に溶けにくい薬剤です。マウスに溶解させたメトロニダゾールを経口投与したかったのですが、なかなか難しそう。酢酸などでpHを調整すると溶解できるようですが、酢酸自体も腸内細菌に影響を与えてしまうため、なるべく水がいいということで調べてみました。

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J Microbiol Methods.: 細菌検体の急冷処理でマイクロアレイデータの信頼性は上昇する 

www.ncbi.nlm.nih.gov

J Microbiol Methods. 2006 Feb;64(2):207-16. Epub 2005 Jun 27.
Quenching of microbial samples for increased reliability of microarray data.
Pieterse B1, Jellema RH, van der Werf MJ.

糞便中のRNAをなるべく安定して抽出することは、metatranscriptomeを行う時の最大の課題でもあります。そんなことでたどり着きました。

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Bioanalyzer®に関するまとめ

Bioanalyzerに関する情報でまとまったものがなかったので、いろいろと調べたことをここに書いておきます。

1.Bioanalyzerとは?

Bioanalyzer®・バイオアナライザはAgligent Technology社から発売されている、マイクロチップ型の電気泳動 ( 細胞分析 ) 装置です。チップを使い分けることで、RNA、DNA、タンパク質、全細胞 ( フローサイトメトリー ) を測定することができます。

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