メタボローム解析: パッケージroplsのtutorialをやってみた
1. はじめに
OPLS-DAを行う際の強力なツールとして、パッケージroplsの使い方をまとめていきます。OPLD-DAだけでなく、PCA、PLS(-DA)，OPLSも行うことができ、R2とQ2によるquality metrics、permutation diagnosis、VIP valuesの計算、外れ値を計測するためのscoreとorthogonal distanceの計算もでき、様々なグラフも描画することができます。OPLS-DAに関しては、前回記事を参照にして下さい。
pediatricsurgery.hatenadiary.jp
続きを読む欠損値の種類と補完とRでのワークフロー
1. はじめに
実験データを扱う時に欠損値が出てしまうことはよくあると思います。欠損値を除いて解析をしたりすることも多いと思いますが、どうしても欠損値を含むデータを使用しなければいけないこともあると思います。欠損値を補完する方法はいろいろと開発されているようです。
http://fixxman.hatenablog.com/entry/2015/10/06/045417fixxman.hatenablog.com
途中まで書いていて、まったく同じ記事で質が段違いの記事があるじゃないかと思いましたが、殆ど書いてしまったので引用させてもらいながら続けます。
続きを読むRCytoscapeの導入 ( RからCytoscapeを動かす )
はじめに
Cytoscapeはネットワーク解析を行う際に非常に強力なツールとなりますが、いかんせんポチポチ操作するのが冗長。Cytoscapeに放り込むファイルはRから作ることが多いので、なんとかRとCytoscapeを連携することができないか？と探してみると、いくつか候補がみつかりました。
http://qiita.com/HirofumiYashima/items/8ddd7a6d489a8f3b30d5qiita.com
www.slideshare.net 続きを読む
肺嚢胞性疾患の定義・病態・胎児診断
1. 定義
狭義の定義
- 気管支性肺嚢胞
- 肺葉内肺分画症
- 先天性嚢胞性腺腫様奇形 ( congenital cystic adenomatoid malformation: CCAM )
- 胸膜直下の気腫性嚢胞 ( ブラ、ブレブなど )
「さらば、p値」 p値とエフェクトサイズと信頼区間
Twitterでフォローしていつも勉強させていただいている先生のtweetで印象深いものがあったので、引用させていただきます。
さらば、P値。理由は再現性の欠如。サンプルサイズがよほど巨大でもない限り、たとえ同様の研究を繰り返したところで、得られるP値はばらばら。http://t.co/ceKEF1Nb2I
— kouta ito (@itokouta) 2015年3月15日
続きを読む元文献はNature Methods。注目すべきは、エフェクトサイズと95％信頼区間。差異の有無ではなく、差異の大きさ。http://t.co/KoHvdiKVaA
— kouta ito (@itokouta) 2015年3月15日
多重検定
0. はじめに
今回の記事では多重検定について調べてまとめたことを中心に書いていきます。多重検定については下記の2つのサイトが大変わかりやすく、参考にさせていただきました。
Bonferroni法、Holm法、False Discovery Rate | 大阪大学腎臓内科
www.slideshare.net 続きを読む
LEfSeを実際にやってみる
実際にやってみる
biobakery / biobakery / wiki / lefse — Bitbucket
サンプルファイルをsample input fileからダウンロードします。なぜか名前が129になっているので注意して下さい。このファイルの概要を書いておくと。
