はじめに とある事情により、自分の経験症例数を算出する必要がありました。一般外科医であれば、自分の登録症例はすべてNCDに登録されていると思います。自分の経験症例を検索するにはNCD検索システムにアクセスする必要があります。 NCD検索システム 手術…

はじめに Twitterで少し前に「業務ハックしてクビにならないために」というエントリが話題になったと思います。 note.com 昔からスクレイピングというものをやってみたいとずっと思っていたのですが、このエントリでSeleniumというもの存在を知り、劇的に業…

0. はじめに qiita.com この記事は@sbtseijiさんがQiitaに投稿した記事をPython初心者が、その仕組みを理解して実行できるようになるために一歩一歩進んでいくための記事の第3回目です。上級者はおそらく元記事を見れば理解できると思いますが、素人にはなか…

0. はじめに qiita.com この記事は@sbtseijiさんがQiitaに投稿した記事をPython初心者が、その仕組みを理解して実行できるようになるために一歩一歩進んでいくための記事の第2回目です。上級者はおそらく元記事を見れば理解できると思いますが、素人にはなか…

0. はじめに qiita.com この記事は@sbtseijiさんがQiitaに投稿した記事をPython初心者が、その仕組みを理解して実行できるようになるために一歩一歩進んでいくための記事です。上級者はおそらく元記事を見れば理解できると思いますが、素人にはなかなか難し…

はじめに 臨床データを呼吸するように集めていく、というのは僕の一つの目標なのですが、自作のマークシートがあればいろいろと面白いことができないかな？と思っていました。 www.scanet.jp 業者に頼むのが一番手っ取り早かったの、スキャネットさんの担当…

実際にやってみる biobakery / biobakery / wiki / lefse — Bitbucket サンプルファイルをsample input fileからダウンロードします。なぜか名前が129になっているので注意して下さい。このファイルの概要を書いておくと。

はじめに LEfSeとは簡単に言うと多重検定を考慮した解析を行ってくれるツールです。bioBakeryから使うこともできますし、webアプリケーションのGalaxyから使うこともできますが、最近、コチラは不安定なことが多いような気がします。 本当は僕もwebアプリケ…

はじめに こちらのマニュアルを参考に進めていきます。 必要なソフトのインストール 1. VirtualBox VirtualBoxをインストールします。リンク先から.pkgファイルをダウンロードしてダブルクリックします。VirtualBoxは無料の仮想化ソフトです。自分の中にまた…

はじめに HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか？ということを明らかにするためのパイプラインです。16SrRNAアンプリ…

0. はじめに 次世代シーケンサーのmiSeqを使用したmeta16Sのrunが終わったので、それを解析するための環境を整えていきます。Mac OS X Yosemite 10.10です。京都大学 東京大学 ( だいぶ前に以前のブログで指摘していただいていたようです、大変失礼しました )…