エラーバーとSDとSE

0. はじめに

エラーバーについて書いていこうと思います。エラーバーとは何かというと、棒グラフや折れ線グラフについているエ字の棒です。かっこいいグラフにはよくついているやつですが、きちんと意味を知っていることが非常に大切なことだと思いますのでまとめておきます。

多変量解析を導入するにあたって

学会とかで「多変量解析すると〜」などと言うとなんかもの凄い発表の様に聞こえますよね…臨床をやっているときはあまり大きなデータで発表したことなかったのですが ( 小児外科の宿命として多変量解析に耐えられるだけの症例数が集まらないことが多い ) 、臨床に戻って早くドヤ顔で発表ができるように頑張って行きたいと思います。

MacQiimeのインストール

0. はじめに

次世代シーケンサーのmiSeqを使用したmeta16Sのrunが終わったので、それを解析するための環境を整えていきます。Mac OS X Yosemite 10.10です。京都大学 東京大学 ( だいぶ前に以前のブログで指摘していただいていたようです、大変失礼しました ) の味埜・佐藤研究室のページを参考にさせていただきました。

メトロニダゾールの懸濁法

メトロニダゾール(フラジール®)は水に溶けにくい薬剤です。マウスに溶解させたメトロニダゾールを経口投与したかったのですが、なかなか難しそう。酢酸などでpHを調整すると溶解できるようですが、酢酸自体も腸内細菌に影響を与えてしまうため、なるべく水がいいということで調べてみました。

J Microbiol Methods.: 細菌検体の急冷処理でマイクロアレイデータの信頼性は上昇する

www.ncbi.nlm.nih.gov

J Microbiol Methods. 2006 Feb;64(2):207-16. Epub 2005 Jun 27.
Quenching of microbial samples for increased reliability of microarray data.
Pieterse B1, Jellema RH, van der Werf MJ.

糞便中のRNAをなるべく安定して抽出することは、metatranscriptomeを行う時の最大の課題でもあります。そんなことでたどり着きました。

Bioanalyzer®に関するまとめ

Bioanalyzerに関する情報でまとまったものがなかったので、いろいろと調べたことをここに書いておきます。

1.Bioanalyzerとは？

Bioanalyzer®・バイオアナライザはAgligent Technology社から発売されている、マイクロチップ型の電気泳動 ( 細胞分析 ) 装置です。チップを使い分けることで、RNA、DNA、タンパク質、全細胞 ( フローサイトメトリー ) を測定することができます。

Nature: 人工甘味料は腸内細菌叢を変化させることで耐糖能異常を引き起こす

www.ncbi.nlm.nih.gov

Artificial sweeteners induce glucose intolerance by altering the gut microbiota.

最近、ネガティブな報告ばかり続く人工甘味料。腸内細菌に絡めた論文です。簡単に言うと人工甘味料 ( 特に本文ではサッカリンがメインに扱われている ) を投与することで、腸内細菌叢が変化し、代謝物が変化し、耐糖能異常が起こると。

ただしこの論文ではサッカリンの代わりに、同じ量のグルコースをコントロールとして置いています。これを同じ甘味を感じるのに必要なグルコースに変えたらどうなるか？腸内細菌叢は確かにサッカリンの方が悪くなりそうだけど、摂取カロリーは断然グルコース群の方が高くなります。個人的には普通のコーラをガバガバ飲んじゃう人が、ゼロコーラに変えること自体は健康に良さそうな気がしますけどね。

まぁネガティブなデータがたくさん出てるので、かく言う僕もゼロ系の飲料をやめて、すべて炭酸水にしました。完全に気分の問題ですけどね。

抗原摂取に伴うIgEシグナルの阻害は成立した食物アレルギーを脱感作し、Treg細胞を誘導する Immunity

Immunoglobulin E signal inhibition during allergen ingestion leads to reversal of established food allergy and induction of regulatory T cells.

http://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(14)00223-4?_returnURL=http%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS1074761314002234%3Fshowall%3Dtrue

Abstract

• IgEはアナフィラキシーの様な即時型のアレルギー反応のトリガーになることはよく知られている
• IgEが摂取した抗原タンパクに対する初期抗体やTh2を介した免疫反応を増強するかどうか？
• IgEを阻害することで、抗原に対する感作を修正できるかどうか？を示した
• 脱抑制した形態のIL4レセプターを内部に有するマウスを使用し、アジュバントを用いずにピーナッツアレルギーを誘導するモデルを作成した
• 形質細胞とIgEは抗原タンパク抗体の誘導とTh2を介在する反応を誘導するのに必要であったが、Tregの誘導も抑制することがわかった
• FcεRIシグナリングキナーゼであるSykを欠失させた形質細胞では、もしくはSynを阻害すると、ピーナッツの感作が阻害された
• アレルギーが成立したマウスにおいて、Sykを阻害すると脱感作が促進され、Tregが誘導された
• 我々の研究によって食物アレルギーにおいてIgEがTh2への誘導だけでなく、Tregの抑制にも関わっていることが示唆された

Nature: 肝硬変の患者におけるヒトの腸内細菌叢の変化

www.ncbi.nlm.nih.gov

Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis.

Introduction

肝硬変は重篤な肝疾患で、急性肝障害もしくは慢性肝障害の結果起こり、原因はアルコールや肥満、肝炎ウイルスなど様々である。非代償性の肝硬変へと進行した患者の予後は不良であり、肝移植の適応となることも多い。肝臓は腸管と胆汁酸や門脈を介して密接に関係しており、過去の報告で腸管内の細菌やその代謝物が腸管粘膜のバリアを超えて肝臓へtranslocationすることが、肝硬変の進行に重要であることが判明している。

腸内細菌の組成が肝硬変の患者の腸内でどう変化するかはまだよく分かってはいない。ある報告では、腸内細菌叢の変化は肝性脳症や原発性腹膜炎といった肝硬変の終末期の合併症に関係しているとされており、またある報告では、アルコール性肝障害や非アルコール性肝障害といったearly stageの肝疾患において、その後、肝硬変にまで進行するかどうかに腸内細菌が関係しているとされている。しかし、ヒトにおける腸内細菌叢と肝組織の明確な関連性はまだ明らかにはなっていないため、123人の肝硬変群と114人の対照群の漢民族における腸内細菌の解析を行った。

小児急性膵炎の死亡予測因子 PSI

Predictors for mortality following acute pancreatitis in children

Pediatric Surgery International
September 2014
Date: 13 Sep 2014
Guo, Mao Li, Yang Chen, Hankui Hu, Weiming Hu