Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

RCytoscapeの導入 ( RからCytoscapeを動かす )

はじめに

Cytoscapeはネットワーク解析を行う際に非常に強力なツールとなりますが、いかんせんポチポチ操作するのが冗長。Cytoscapeに放り込むファイルはRから作ることが多いので、なんとかRとCytoscapeを連携することができないか?と探してみると、いくつか候補がみつかりました。

qiita.com

www.slideshare.net

この中でCytoscape公式、という響きだけでRCytoscapeというRパッケージを使用した方法を選んでみました。そのやり方を記しておきます。

1. RCytoscapeをインストールする

http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/RCytoscape/inst/doc/RCytoscape.df

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("RCytoscape")
library(RCytoscape)

環境によってはBioconductorを最新版にする必要がある

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

2. 必要なパッケージ・ソフトウェアをインストールする

XMLRPCをインストールする

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("XMLRPC")
library(XMLRPC)

XMLRPCとは?

  • Remote Procedure Call (RPC) via XML in R
  • XML を HTTP でやり取りしてリモート手続き呼び出しを行うための方法

XMLとは?

  • ExtensibleMarkupLanguageの略
  • 多様な情報を「情報の意味」と「情報の内容」に分けてテキストで記述する方法
  • インターネット上で様々なデータを扱う場合に特に利点を発揮する
  • テキストファイルであり、OSやソフトウェアの影響を受けない
  • インターネットに公開すればどこからでも参照することが可能

Cytoscapeをインストールする ( version 2.8.1 以上 )

  • OS Xであればコチラの.dmgファイルをダウンロードする
  • ダブルクリックしてインストールする
  • 環境によってはJAVAのインストールを要求されるので素直に従う

CytoscapeRPCをインストールする

mv $HOME/Downloads/CytoscapeRPC.jar /Applications/Cytoscape_v2.8.1/plugins
  • Cytoscapeを再起動する
  • Plugins -> CytoscapeRPC -> Activate CytoscapeRPCでCytoscapeを有効化する

3. サンプルを描いてみる

g <- new('graphNEL', edgemode='directed')
g <- graph::addNode ('A', g)
g <- graph::addNode ('B', g)
g <- graph::addNode ('C', g)
cw <- new.CytoscapeWindow ('vignette', graph=g)
displayGraph (cw)

するとこんな感じの簡単なグラフがCytoscapeに表示されているはずです。もう少し詳しい設定などはまた後日まとめていきたいと思います。

参考