Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

bioBakeryのインストール

菌叢解析 Python

はじめに

こちらのマニュアルを参考に進めていきます。

必要なソフトのインストール

1. VirtualBox

VirtualBoxをインストールします。リンク先から.pkgファイルをダウンロードしてダブルクリックします。VirtualBoxは無料の仮想化ソフトです。自分の中にまた別のOS環境を構築することができます。

2. Vagrant

Vagrantをインストールします。これもリンク先から.pkgファイル -> ダブルクリックでOKです。Vagrantに関してはまったく知りませんでしたのでQiitaから引用します。難しいのですが便利そうなのはよくわかりました。 qiita.com

これはなに?

仮想マシン(以下 "VM")を動かす仮想化ソフトの超すごいラッパーツール。 VirtualBoxなどの仮想化ソフトの操作を、ものすごく親切に代行してくれます。 VMの構成を Vagrantfile というテキストに記述してVagrantに任せることで、ネットワークドライバの設定などを意識すること無く、ホスト環境に依存しない形で整備してもらえます。

なにに使う?

ゲストOSがインストールされたVMを整備するのに使います。 Vagrant Cloud にあらかじめ用意されている「box」というVMイメージを指定してコマンドを実行するだけで、OSインストール済みのVMを作成し、ネットワーク設定やSSH環境の整備までやってくれます。また、VMの構成内容を Vagrantfile というテキストファイルとしてコード化できます。

具体的に何がどう楽になる?

VMの構成を Vagrantfile に記述して vagrant up コマンドを実行するだけで、すぐに完全な環境を整備できます。 VirtualBoxでVMを作って、GuestAdditionsを入れて、ゲストOSをダウンロード&インストールして、sshdを立てて、SSHでログインして、ミドルウェアを入れて…といった大変な作業がバッサリカットできます。

bioBakeryをダウンロードして開く

コチラからダウンロードします。.tar.gzファイルを開くとフォルダの中にMacOSの場合は"start_biobakery.command"というファイルがありますので、これをterminalから開きます。するとインストールが始まりますが、かなり時間がかかるので心して行って下さい。6GBくらいの容量の余裕があった方がいいと思われます。