さて、準備が整ったのでHUMAnNを動かしてみましょう。結論から言うと、何度もエラーが起きて、なかなか解決できず骨が折れました。どうやらmacでのみいろいろとエラーが起きてしまう仕様の様です。最初に肝を書いておくと、
・読み込むテキストファイルは.txtは使わず、.tsvか.csvを使う ・.tsvファイルの1行目に余計な物を書かない ・1行目は#OTU…で始まる形にする ・glpk-4.6を以前のバージョンに置き換える ・エラーが起きてやり直す場合はOutputフォルダに入ったファイルを全て削除しておく
というのが大事です。この全てのステップを踏んだところで無事に解析が終わりました。 scons: *** [output/04b-hit-keg-mpt-cop-nul-nve-nve-graphlan_tree.txt] Error 1 scons: building terminated because of errors. こんな感じのエラーメッセージが最後に出てこなくなったら完了です！
エラーメッセージの解決にはHUMAnNのGoogle groupsのフォーラムを参考にしました。みんな同じ所でつまずいててちょっと安心です。 https://groups.google.com/forum/#!topic/humann-users/PBBwfyF4uGU https://groups.google.com/forum/#!topic/humann-users/D6nnsXKdbx8
( 1 ) .biomから.tsvを作成する
[splus]
.BiomファイルをTSV formatに変換する
.https://picrust.github.io/picrust/tutorials/humann_tutorial.htmlの記述と違うので注意
biom convert -i metagenome_predictions.biom -o metagenome_predictions.tsv --to-tsv
.できたmetagenome_predictions.tsvをhuman-0.99/input/に入れておく
mv metagenome_predictions.tsv /Applications/Bioinformatics/humann-0.99/input [/splus]
ここで、metagenome_predictions.tsvをテキストエディタで開いて下さい。1行目に # Constructed from biom file という記述があればこれを削除しておいて下さい。
( 2 ) glpkのバージョンを書き換える まず http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.43.tar.gz からglpk-4.43.tar.gzをダウンロードしてダブルクリックして解凍し、適当なフォルダに移動させます。
[splus]
.glpkのあるディレクトリに移動
cd /Applications/Bioinformatics/glpk-4.43
.glpk-4.43をインストール
../configure : カレントディレクトリにあるconfigureスクリプトを実行する
.--prefix= : インストール先のトップディレクトリを指定
./configure --prefix=/usr/local sudo make install
..bash_profileに下記の様に追記してPATHを通しておく
export PATH="/Applications/Bioinformatics/glpk-4.43:$PATH"
./humann-0.99/data/MinPath/にあるgplk-4.6を削除
.インストールしたgplk-4.43のディレクトリを/humann-0.99/data/MinPath/にペースト
.glpk-4.43の名前をglpk-4.6に変える
.再度この場所でインストールする
cd /Applications/Bioinformatics/humann-0.99/data/MinPath/glpk-4.6 sudo make install
..bash_profileに下記の様に追記してPATHを通しておく
export PATH="/Applications/Bioinformatics/humann-0.99/data/MinPath/glpk-4.6:$PATH" source /Users/Ryohei/.bash_profile [/splus]
たぶんかなり回りくどいことをしていて、最初のglpk-4.43のインストールは要らないかもしれないのですが、一応、こうやってやって上手くいったのでそのまま書いておきます。修正点などがあれば教えていただけると幸いです。
( 3 ) sconsからHUMAnNを動かす
[splus]
.HUMAnNのディレクトリに移る
cd /Applications/Bioinformatics/humann-0.99 scons [/splus]
するとターミナルにたくさん文字列が出てきます。ファイルの重さにもよりますが、数十分くらいかかるのだと思います。それでは解析に移っていきます。