Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 2 ) sconsとblastxのインストール

HUMAnNを走らせるための準備として、sconsとblast+のインストール方法を書きます。

( 1 ) sconsのインストール 参考:ynumerator_blog

http://sourceforge.net/projects/scons/files/scons/2.4.0/ にアクセスして scons-2.4.0.tar.gz をダウンロード。ダブルクリックして解凍して好みの場所に置いておく。僕はアプリケーションの下にBioinformatics系のアプリをまとめるフォルダを作っています。

[splus]

.ターミナルを開いて、解凍したファイルの場所まで行く

cd /Applications/Bioinformatics/scons-2.4.0

.インストール:sudoコマンドなので、パスワードを要求される

sudo python setup.py install

.sconsを実行

scons [/splus]

sconsと入力して -bash : scons : command not found と表示されなければOKでし。表示されたら参考元を参考にして下さい。

( 2 ) blast+のインストール 参考:bioinformatics

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST にアクセスする。パスワードを要求されるが、ゲストとしてアクセスしても大丈夫。ここから ncbi-blast-2.2.31+-src.tar.gz をダウンロードする。ダブルクリックして解凍し、好みの場所に置く。

[splus]

.blast+のディレクトリに移る

cd /Applications/Bioinformatics/ncbi-blast-2.2.31+-src

.コンパイル

./configure make [/splus]

( 3 ) PATHを通しておく ここら辺はあまり詳しくないのですが、取り敢えず先輩から教わった方法を書いておきます。まず不可視ファイルが見えない状態ならば、見える様にしておきます。参考:Macの隠しファイルや隠しフォルダを表示する裏技

[splus] defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles -boolean true killall Finder [/splus]

.bash_profileをテキストエディタで開いて下記の記述を加えて保存。.bash_profileは/Users/"ユーザー名"/.bash_profileにあります。

[splus]

.scons

export PATH="/Applications/Bioinformatics/scons:$PATH"

.blast+

export PATH="/Applications/Bioinformatics/ncbi-blast-2.2.31+-src:$PATH" [/splus]

最後にターミナルで

[splus] source /Users/"ユーザー名"/.bash_profile [/splus]

としておく。これで準備は完了です。