MacQiimeのインストール
0. はじめに
次世代シーケンサーのmiSeqを使用したmeta16Sのrunが終わったので、それを解析するための環境を整えていきます。Mac OS X Yosemite 10.10です。京都大学 東京大学 ( だいぶ前に以前のブログで指摘していただいていたようです、大変失礼しました ) の味埜・佐藤研究室のページを参考にさせていただきました。
1. Mac Qiimeのダウンロードと解凍
http://www.wernerlab.org/software/macqiime Werner Lab.のwebサイトからMacQiimeをダウンロードする。511.7MBあって流石に結構重いです。ダウンロードしたらzipファイルをダブルクリックして解凍。デフォルトではダウンロードフォルダに解凍されると思います。
2. ターミナルを使ってインストール
ターミナル.appを開きます。どこまでターミナルについて書けばいいのかわかりませんが、自分の備忘録(完全に初心者)として使ったものだけを書いていきます。
pwd ( print working directory ) : 現在のディレクトリ名を表示する cd ( change dirrectory ) : ディレクトリを移動する ls ( lst ) : 現在のディレクトリにあるファイルを表示する .. ( dot dot ) : 1つ上のディレクトリに戻る
pwdで現在どこにいるか表示し、lsで何のファイルがあるか確認し、cdで解凍されたmacQiimeのフォルダ( 僕の場合は"MacQIIME_1.8.0-20140103_OS10.6"でした)の中に入っていきます。
pwd ls cd download cd MacQIIME_1.8.0-20140103_OS10.6 ./install.s
Macのパスワードを聞かれるので入力するとインストールが始まります。
3. MacQiimeにfastq-joinを加える
Add fastq-join to MacQIIME 1.8.0 - Werner Lab 解析を始める前にFastq-joinというものをMacQiimeに追加する必要があるようで、Wernerのwebサイトを参考にやってみました。
Add_ea-tools_to_MacQIIME-1.8.0.tgzというファイルをここからダウンロードします。
ダウンロードフォルダに移動
cd downloads
- ダウンロードしたファイルを解凍する。tar -xvfは.tarのファイルを解凍するというコマンドです。逆に圧縮したい時はtar -cvfを使用します。ハイフンはターミナルではtarというコマンドのオプションを指定するときに使うようです。
tar -xvf Add_ea-tools_to_MacQIIME-1.8.0.tgz cd Add_ea-tools_to_MacQIIME-1.8.0/
- 新しく作ったフォルダ(ディレクトリ)に移行する
cd Add_ea-tools_to_MacQIIME-1.8.0/
- インストールする。パスワードを入力して終了。
./install.script
以上になります。
