Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

bioBakeryのインストール

はじめに こちらのマニュアルを参考に進めていきます。 必要なソフトのインストール 1. VirtualBox VirtualBoxをインストールします。リンク先から.pkgファイルをダウンロードしてダブルクリックします。VirtualBoxは無料の仮想化ソフトです。自分の中にまた…

日本のダブルスペース、海外のダブルスペース

はじめに Facebookでとある先生が「日本のダブルスペースの設定と海外のダブルスペースの設定が違うことを知らない人が多い」という旨の投稿をしたのが友人経由で流れてきました。正直、寝耳に水でした。 これはと思い、一流誌に載った論文を多数持つラボの…

JMPファイルを何とかRに取り込もうとする…も撃沈する

0. はじめに 少し前から大学病院でJMP ( ジャンプ ) という統計ソフトの包括ライセンス契約を結んでいるらしく、JMPを使って解析をしたという話をよく聞くようになった。どうやら初学者にも使いやすくて好評らしい。聞いたことなかったので、なんだその怪し…

コホート内ケースコントロール研究: 2. コントロール群の抽出法

0. はじめに さて、この記事ではRとパッケージ"Epi"を用いて、コホート内ケースコントロール研究の被験者を実際に抽出していきたいと思います。データ・セットはRパッケージ{Epi}の中の"diet"を使用していきます。 コホート内ケースコントロール研究について…

コホート内ケースコントロール研究: 1. コホート内ケースコントロール研究とは?

0. はじめに 現在、私が関わっているプロジェクトでコホート内ケースコントロール研究を行うことになりました。というのも、腸内細菌叢や糞便中代謝物を測定するのには非常にお金がかかるので、集めた全検体を調べると大変なことになります。ですので、前向…

予測メタゲノム解析: HUMAnNをインストールするためのあれこれ

はじめに HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16SrRNAアンプリ…

Gasteroenterology: γδ-T 細胞から産生されるIL-17と胆道閉鎖症

Interleukin-17, Produced by γδ-T Cells, Contributes to Hepatic Inflammation in a Mouse Model of Biliary Atresiaand is Increased in Livers of Patients. www.ncbi.nlm.nih.gov

肺分画症の血管走行

0. はじめに 肺分画症を手術する際に最も重要なことは、血管の走行を可能な限り把握し、予期せぬ血管損傷のリスクを最小限に留めておくことと考えられます。しかしその血管走行は単純ではありません。先日、肺葉内肺分画症の血管走行に関して議論があり、復…

Office365のアカウント認証が上手くいかない

久しぶりの更新で、いろいろな記事が途切れ途切れになっていますが、これからも少しずつマイペースにやっていきます。さて、Macユーザー待望のOffice for Mac 2016がリリースされました。 http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1507/10/news060.html">htt…

腸内細菌叢の成長: 生後1000日の変遷

はじめに www.ncbi.nlm.nih.gov 次世代シーケンサーの普及により腸内細菌叢の解析が進み、新生児期から乳児期を経て成人型に腸内細菌叢がどの様に変化し、免疫システムの構築、アレルギー疾患をはじめとした免疫システムの異常に伴う疾患との関係性が少しず…

わからない単語を英辞郎で検索するショートカットキーを作成する

はじめに 論文を読んでいてわからない単語が出てくると、みなさんどうしてますか?僕はMacのスクリーンで読むことがほとんどなので、三本指でタップすれば辞書.appが自動的に立ち上がってくれますが、専門用語だと載っていないことも多いです。 僕はアルクの…

エラーバーとSDとSE

0. はじめに エラーバーについて書いていこうと思います。エラーバーとは何かというと、棒グラフや折れ線グラフについているエ字の棒です。かっこいいグラフにはよくついているやつですが、きちんと意味を知っていることが非常に大切なことだと思いますので…

多変量解析を導入するにあたって

学会とかで「多変量解析すると〜」などと言うとなんかもの凄い発表の様に聞こえますよね…臨床をやっているときはあまり大きなデータで発表したことなかったのですが ( 小児外科の宿命として多変量解析に耐えられるだけの症例数が集まらないことが多い ) 、臨…

MacQiimeのインストール

0. はじめに 次世代シーケンサーのmiSeqを使用したmeta16Sのrunが終わったので、それを解析するための環境を整えていきます。Mac OS X Yosemite 10.10です。京都大学 東京大学 ( だいぶ前に以前のブログで指摘していただいていたようです、大変失礼しました )…

メトロニダゾールの懸濁法

メトロニダゾール(フラジール®)は水に溶けにくい薬剤です。マウスに溶解させたメトロニダゾールを経口投与したかったのですが、なかなか難しそう。酢酸などでpHを調整すると溶解できるようですが、酢酸自体も腸内細菌に影響を与えてしまうため、なるべく水が…

J Microbiol Methods.: 細菌検体の急冷処理でマイクロアレイデータの信頼性は上昇する 

www.ncbi.nlm.nih.gov J Microbiol Methods. 2006 Feb;64(2):207-16. Epub 2005 Jun 27. Quenching of microbial samples for increased reliability of microarray data. Pieterse B1, Jellema RH, van der Werf MJ. 糞便中のRNAをなるべく安定して抽出する…

Bioanalyzer®に関するまとめ

Bioanalyzerに関する情報でまとまったものがなかったので、いろいろと調べたことをここに書いておきます。 1.Bioanalyzerとは? Bioanalyzer®・バイオアナライザはAgligent Technology社から発売されている、マイクロチップ型の電気泳動 ( 細胞分析 ) 装置で…

Nature: 人工甘味料は腸内細菌叢を変化させることで耐糖能異常を引き起こす

www.ncbi.nlm.nih.gov Artificial sweeteners induce glucose intolerance by altering the gut microbiota. 最近、ネガティブな報告ばかり続く人工甘味料。腸内細菌に絡めた論文です。簡単に言うと人工甘味料 ( 特に本文ではサッカリンがメインに扱われてい…

抗原摂取に伴うIgEシグナルの阻害は成立した食物アレルギーを脱感作し、Treg細胞を誘導する Immunity

Immunoglobulin E signal inhibition during allergen ingestion leads to reversal of established food allergy and induction of regulatory T cells. http://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(14)00223-4?_returnURL=http%3A%2F%2Flinkinghub.…

Nature: 肝硬変の患者におけるヒトの腸内細菌叢の変化

www.ncbi.nlm.nih.gov Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis. Introduction 肝硬変は重篤な肝疾患で、急性肝障害もしくは慢性肝障害の結果起こり、原因はアルコールや肥満、肝炎ウイルスなど様々である。非代償性の肝硬変へと進行し…

小児急性膵炎の死亡予測因子 PSI

Predictors for mortality following acute pancreatitis in children Pediatric Surgery International September 2014 Date: 13 Sep 2014 Guo, Mao Li, Yang Chen, Hankui Hu, Weiming Hu Introduction 小児の急性膵炎の死亡リスクの報告は今まで為されて…

Int J Surg.: 胆道閉鎖症・葛西術後のステロイド投与

Postoperative steroids after Kasai portoenterostomy for biliary atresia: A systematic review. www.ncbi.nlm.nih.gov Aim このsystematic reviewとmeta-analysisの目的は、葛西術後のステロイド投与が減黄、胆管炎、生存率に寄与しているかどうかを明ら…

日本大肛会誌: 小児結腸ポリープの病態と治療に関する検討

小児結腸ポリープの病態と治療に関する検討 日本大腸肛門病会誌 61:476―480,2008 はじめに 26例中20例が男児、6例が女児 初診時平均年齢は1-13歳、平均4歳対象と方法 注腸造影が1st choice マルチスライスCTで補助診断 直腸→経肛門的ポリープ切除 S状結腸よ…

Double 90 Degrees Counterrotated End-to-End-Anastomosis 新しい腸管吻合法の実証研究 EJPS

Double 90 Degrees Counterrotated End-to-End-Anastomosis: An Experimental Study of an Intestinal Anastomosis Technique Georg Thieme Verlag KG Stuttgart · New York Aim この論文の目的は、新しい吻合方法と従来の吻合の比較を明らかにすることであ…

EJPS: 未熟児におけるNECとSIPの進行に関連する急性絨毛膜羊膜炎に対する胎児反応としての血管炎

Vasculitis as Part of the Fetal Response to Acute Chorioamnionitis Likely Plays a Role in the Development of Necrotizing Enterocolitis and Spontaneous Intestinal Perforation in Premature Neonates Eur J Pediatr Surg DOI: 10.1055/s-0034-1373…

新生児腸管虚血の早期診断のためのドップラー超音波による門脈血流測定 EJPS

Neonatal Portal Venous Blood Flowmetry by Doppler Ultrasound for Early Diagnosis of Ischemia in Intestinal Tract Eur J Pediatr Surg Georg Thieme Verlag KG Stuttgart · New York Megumi Kobayashi, Masaru Mizuno, Atsushi Matsumoto, Go Wakabaya…

PSI: 重症特発性便秘を伴う小児における異常な排尿パラメーター

Abnormal voiding parameters in children with severe idiopathic constipation Pediatric Surgery International K. L. Y. Chung, N. S. Y. Chao, C. S. W. Liu, P. M. Y. Tang, K. K. W. Liu, M. W. Y. Leung Objective 特発性便秘は異常な排尿パラメータ…

小児と青年に対する原発性女性化乳房に対する外科手術 PSI

Surgical treatment of primary gynecomastia in children and adolescents Pediatric Surgery International June 2014, Volume 30, Issue 6, pp 641-647 Sebastian Fischer, Tobias Hirsch, Christoph Hirche, Jurij Kiefer, Maximilian Kueckelhaus, Günt…

PSI: 新生児と幼児の複雑性中腸軸捻転の早期診断

Early prediction of complex midgut volvulus in neonates and infants Pediatric Surgery International June 2014, Volume 30, Issue 6, pp 579-586 Ilias Kanellos-Becker, Robert Bergholz, Konrad Reinshagen, Michael Boettcher Introduction ・1歳以…

PSI: 小児鼠径ヘルニア嵌頓に対する従来法と鏡視下手術の比較

Incarcerated inguinal hernia management in children: ‘a comparison of the open and laparoscopic approach Pediatric Surgery International June 2014, Volume 30, Issue 6, pp 621-624 Pankaj Kumar Mishra, Katherine Burnand, Ashish Minocha, Azad…