解剖学的要素 胎生24週以前の胎児診断 出生前診断あり 重篤な合併奇形 右横隔膜ヘルニアが予後不良かどうかは議論の余地あり 超音波検査
0. はじめに 小児鈍的脾・肝損傷に関しては保存的治療が積極的に行われるようになっており、その割合は恐らく成人より高いのではないか？と思います。いわゆるbed rest protocolですが、どのくらいの期間、床上安静が必要なのか？ということは割と気にせず、…
はじめに ( 愚痴 ) 仕事がらあまりデータ解析をしない人からExcelファイルをもらうことが多く、自分が扱いやすいデータにするための処理が実は解析の中で一番大変だったりします。もちろんExcelの生データをExcelを使って処理してしまえばそんなに大変ではな…
ジョージアワインを堪能すべくカヘティ地方へワイナリーを訪れる際の情報をまとめておきます。日本語の情報はあまりなかったので、お役に立てるかと思います ( 2017年9月の情報です ) 。ちなみにカヘティ地方のワイナリーの素晴らしさについては下記の記事を…
ジョージアのワイナリーのワイン。めちゃくちゃ美味しかったので、ジョージアを訪れた際はなにがなんでも時間を作って行ってほしいです。 ジョージアがワイン発祥の地だということは有名だと思います。安宿でもワインが無料で振る舞われたりと、ワインが身近…
ジョージアの首都のトビリシからトレッキングで有名なスヴァネティ地方の玄関口のメスティアに行くには3通りあるようです。 バスでトビリシ→メスティア 夜行列車でトビリシ→ズグディディ、バスでズグディディ→メスティア 空路 それぞれに特徴があるのでまと…
MacBook 12 inchを購入しました。今まで使用していたMacBook Pro 13 inch 2014をそのままコピーしても良かったのですが、怪しげなアプリケーションをたくさんインストールしてしまっているので、イチから環境設定をしてみます。完全に自分の備忘録で、次にク…
Rにおいて欠損値NAを0に変換するのは、Rを覚えたての頃につまづくことのうちの1つじゃないかと思います。いろいろ方法はあると思いますが、{dplyr}を使ってパイプの中で処理をする方法はあまり見つからなかったので、まだまだビギナーの自分にとっては結構大…
小児外科 標準小児外科学 第7版 (Standard textbook)作者: ?松英夫出版社/メーカー: 医学書院発売日: 2017/01/30メディア: 単行本この商品を含むブログを見る おすすめ度 ☆☆☆☆☆ 小児外科専門医の筆記試験に合格するためには、これを丸一冊暗記すれば受かると…
はじめに 今度の学会で外来患者の長期フォローアップをまとめて発表します。そこでggplot2で開始日付 ( 初診日 ) と終了日付 ( 最終受診日 ) のあるデータの期間を、帯グラフで表現したかったのですが、日本語でのまとまった記事がなかったので書いてみまし…
はじめに だいぶ時間が経過してしまいましたが、前回、こんな記事を書きました。 pediatricsurgery.hatenadiary.jp PiphillinなどでpathwayやKEGG orthologyの予測メタゲノムデータを得た後の解析は多々あると思いますが、変動しているpathwayの中で自分に興…
新生児における脂質の消化吸収 糖質・たんぱく質より消化吸収能が未熟 正期産時で10-15%、早産児 ( 32-34 ) で25-35% が吸収できず排泄される 成人並になるのは生後数ヶ月経過してから 原因は 胆汁酸のプールが少ない = 胆汁酸そのものが少ない 膵リパーゼ活…
16S rRNA遺伝子解析の限界 16S rRNA遺伝子解析 ( 個人的には16S rRNA gene amplicon sequencingが正しい用語だと思っています )の発達と普及によって腸内細菌叢の研究は飛躍的に進み、今まで知りえなかった腸内細菌という臓器に関する新たな知見をたくさん生…
0. はじめに それでは、4パラメーターロジスティック曲線を描いて、回帰式からELISAの値を算出していきます。前回記事の続きです。 pediatricsurgery.hatenadiary.jp この記事のコンテンツは 必要なパッケージのインストール ELISAデータをGitHubから入手す…
ELISAの測定結果を求める時に、どうやっても検量線のR2が0.9前後になってしまって、なかなかいい値が出なくて困っていた時がありました。そもそもELISAの検量線はどう回帰させれば良いのか、実験を始めた当初はよくわかっていなかったので、同じ様な疑問を持…
はじめに Gitという言葉をよく聞くようになり、ファイルを管理するのに便利そうだということはわかっていたのですが、Git特有の言葉が多く全体像をつかめずにいてなかなか導入できずにいました。Gitに関してはサルでもわかるGit入門というサイトが超わかりや…
はじめに 新生児の消化管出血 ( 吐血・下血 ) は頻度はあまり高くないが、緊急性を要することが多いです。兎にも角にも中腸軸捻転を否定することが重要ですし、できない場合は小児外科にコンサルトが絶対に必要です。さらっと初期対応のポイントをまとめてみ…
1. 手術の原則 無神経説腸管の切除 アカラシアを示す内肛門括約筋への対処 2. 三大手術の概要 * A, Soave. B, Swenson. C, Duhamel
多様性の計算のために必要なこと 細かいことは抜きにして多様性を計算するためには、FASTAファイルを系統樹を描くためのフォーマット.phに変換する必要があります。ちなみにQiimeを使用している場合は、Qiimeのコマンドから作成することができます。今回は手…
1. はじめに OPLS-DAを行う際の強力なツールとして、パッケージroplsの使い方をまとめていきます。OPLD-DAだけでなく、PCA、PLS(-DA)，OPLSも行うことができ、R2とQ2によるquality metrics、permutation diagnosis、VIP valuesの計算、外れ値を計測するため…
1. はじめに メタボローム解析を行う際に重要な解析方法である、PLS: 部分最小二乗法についてまとめてみました。参考サイトは8. 参考を見て下さい。
1. はじめに 実験データを扱う時に欠損値が出てしまうことはよくあると思います。欠損値を除いて解析をしたりすることも多いと思いますが、どうしても欠損値を含むデータを使用しなければいけないこともあると思います。欠損値を補完する方法はいろいろと開…
はじめに Cytoscapeはネットワーク解析を行う際に非常に強力なツールとなりますが、いかんせんポチポチ操作するのが冗長。Cytoscapeに放り込むファイルはRから作ることが多いので、なんとかRとCytoscapeを連携することができないか？と探してみると、いくつ…
1. 定義 狭義の定義 気管支性肺嚢胞 肺葉内肺分画症 先天性嚢胞性腺腫様奇形 ( congenital cystic adenomatoid malformation: CCAM ) 胸膜直下の気腫性嚢胞 ( ブラ、ブレブなど )
Twitterでフォローしていつも勉強させていただいている先生のtweetで印象深いものがあったので、引用させていただきます。 さらば、P値。理由は再現性の欠如。サンプルサイズがよほど巨大でもない限り、たとえ同様の研究を繰り返したところで、得られるP値は…
Hirschsprung病の病理 神経節細胞 ( 壁内神経叢 ) の欠如 漿膜あるいは外膜側から粘膜固有層まで壁全層にわたる異常な神経線維束の増生
0. はじめに 今回の記事では多重検定について調べてまとめたことを中心に書いていきます。多重検定については下記の2つのサイトが大変わかりやすく、参考にさせていただきました。 Bonferroni法、Holm法、False Discovery Rate | 大阪大学腎臓内科 DNAマイク…
実際にやってみる biobakery / biobakery / wiki / lefse — Bitbucket サンプルファイルをsample input fileからダウンロードします。なぜか名前が129になっているので注意して下さい。このファイルの概要を書いておくと。
はじめに LEfSeとは簡単に言うと多重検定を考慮した解析を行ってくれるツールです。bioBakeryから使うこともできますし、webアプリケーションのGalaxyから使うこともできますが、最近、コチラは不安定なことが多いような気がします。 本当は僕もwebアプリケ…
はじめに 小児固形腫瘍では、腫瘍マーカーが診断においても非常になってきます。成人固形腫瘍とはやや感覚が違うような印象もあります。あまり横断的に勉強することは少ないので、まとめておきます。少しずつ追記していきます。
