Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

肺嚢胞性疾患の定義・病態・胎児診断

1. 定義 狭義の定義 気管支性肺嚢胞 肺葉内肺分画症 先天性嚢胞性腺腫様奇形 ( congenital cystic adenomatoid malformation: CCAM ) 胸膜直下の気腫性嚢胞 ( ブラ、ブレブなど )

「さらば、p値」 p値とエフェクトサイズと信頼区間

Twitterでフォローしていつも勉強させていただいている先生のtweetで印象深いものがあったので、引用させていただきます。 さらば、P値。理由は再現性の欠如。サンプルサイズがよほど巨大でもない限り、たとえ同様の研究を繰り返したところで、得られるP値は…

Hirschsprung病の病理

Hirschsprung病の病理 神経節細胞 ( 壁内神経叢 ) の欠如 漿膜あるいは外膜側から粘膜固有層まで壁全層にわたる異常な神経線維束の増生

多重検定

0. はじめに 今回の記事では多重検定について調べてまとめたことを中心に書いていきます。多重検定については下記の2つのサイトが大変わかりやすく、参考にさせていただきました。 Bonferroni法、Holm法、False Discovery Rate | 大阪大学腎臓内科 DNAマイク…

LEfSeを実際にやってみる

実際にやってみる biobakery / biobakery / wiki / lefse — Bitbucket サンプルファイルをsample input fileからダウンロードします。なぜか名前が129になっているので注意して下さい。このファイルの概要を書いておくと。

LEfSeをインストールする

はじめに LEfSeとは簡単に言うと多重検定を考慮した解析を行ってくれるツールです。bioBakeryから使うこともできますし、webアプリケーションのGalaxyから使うこともできますが、最近、コチラは不安定なことが多いような気がします。 本当は僕もwebアプリケ…

小児固形腫瘍の腫瘍マーカー

はじめに 小児固形腫瘍では、腫瘍マーカーが診断においても非常になってきます。成人固形腫瘍とはやや感覚が違うような印象もあります。あまり横断的に勉強することは少ないので、まとめておきます。少しずつ追記していきます。

bioBakeryのインストール

はじめに こちらのマニュアルを参考に進めていきます。 必要なソフトのインストール 1. VirtualBox VirtualBoxをインストールします。リンク先から.pkgファイルをダウンロードしてダブルクリックします。VirtualBoxは無料の仮想化ソフトです。自分の中にまた…

日本のダブルスペース、海外のダブルスペース

はじめに Facebookでとある先生が「日本のダブルスペースの設定と海外のダブルスペースの設定が違うことを知らない人が多い」という旨の投稿をしたのが友人経由で流れてきました。正直、寝耳に水でした。 これはと思い、一流誌に載った論文を多数持つラボの…

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 2 ) レアファクション解析

はじめに 腸内細菌の論文を読み、多様性の話が出てくる時に避けて通れないのがレアファクション解析 ( Rarefaction解析 )。図表にしれっとグラフが登場するのに、material and methodsをきちんと読まないとあまり詳しく書かれていないレアファクション解析。…

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 1 ) 多様性

はじめに 何かと話題に事欠かない腸内細菌の研究と糞便移植。興味を持っている臨床医もたくさんいると思いますが、特に腸内細菌叢の次世代シーケンサーを使用した研究は、それまで見たことのない図表も多く、また生態学の知識も要求されるため、なかなか理解…

JMPファイルを何とかRに取り込もうとする…も撃沈する

0. はじめに 少し前から大学病院でJMP ( ジャンプ ) という統計ソフトの包括ライセンス契約を結んでいるらしく、JMPを使って解析をしたという話をよく聞くようになった。どうやら初学者にも使いやすくて好評らしい。聞いたことなかったので、なんだその怪し…

コホート内ケースコントロール研究: 2. コントロール群の抽出法

0. はじめに さて、この記事ではRとパッケージ"Epi"を用いて、コホート内ケースコントロール研究の被験者を実際に抽出していきたいと思います。データ・セットはRパッケージ{Epi}の中の"diet"を使用していきます。 コホート内ケースコントロール研究について…

コホート内ケースコントロール研究: 1. コホート内ケースコントロール研究とは?

0. はじめに 現在、私が関わっているプロジェクトでコホート内ケースコントロール研究を行うことになりました。というのも、腸内細菌叢や糞便中代謝物を測定するのには非常にお金がかかるので、集めた全検体を調べると大変なことになります。ですので、前向…

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 3 ) HUMAnNを動かす

さて、準備が整ったのでHUMAnNを動かしてみましょう。結論から言うと、何度もエラーが起きて、なかなか解決できず骨が折れました。どうやらmacでのみいろいろとエラーが起きてしまう仕様の様です。最初に肝を書いておくと、

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 2 ) sconsとblastxのインストール

HUMAnNを走らせるための準備として、sconsとblast+のインストール方法を書きます。

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 1 ) はじめに

HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16S rRNAを用いた菌叢解析…

Gasteroenterology: γδ-T 細胞から産生されるIL-17と胆道閉鎖症

Interleukin-17, Produced by γδ-T Cells, Contributes to Hepatic Inflammation in a Mouse Model of Biliary Atresiaand is Increased in Livers of Patients. www.ncbi.nlm.nih.gov

肺分画症の血管走行

0. はじめに 肺分画症を手術する際に最も重要なことは、血管の走行を可能な限り把握し、予期せぬ血管損傷のリスクを最小限に留めておくことと考えられます。しかしその血管走行は単純ではありません。先日、肺葉内肺分画症の血管走行に関して議論があり、復…

Office365のアカウント認証が上手くいかない

久しぶりの更新で、いろいろな記事が途切れ途切れになっていますが、これからも少しずつマイペースにやっていきます。さて、Macユーザー待望のOffice for Mac 2016がリリースされました。 http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1507/10/news060.html">htt…

腸内細菌叢の成長: 生後1000日の変遷

はじめに onlinelibrary.wiley.com 次世代シーケンサーの普及により腸内細菌叢の解析が進み、新生児期から乳児期を経て成人型に腸内細菌叢がどの様に変化し、免疫システムの構築、アレルギー疾患をはじめとした免疫システムの異常に伴う疾患との関係性が少し…

わからない単語を英辞郎で検索するショートカットキーを作成する

はじめに 論文を読んでいてわからない単語が出てくると、みなさんどうしてますか?僕はMacのスクリーンで読むことがほとんどなので、三本指でタップすれば辞書.appが自動的に立ち上がってくれますが、専門用語だと載っていないことも多いです。 僕はアルクの…

エラーバーとSDとSE

0. はじめに エラーバーについて書いていこうと思います。エラーバーとは何かというと、棒グラフや折れ線グラフについているエ字の棒です。かっこいいグラフにはよくついているやつですが、きちんと意味を知っていることが非常に大切なことだと思いますので…

多変量解析を導入するにあたって

学会とかで「多変量解析すると〜」などと言うとなんかもの凄い発表の様に聞こえますよね…臨床をやっているときはあまり大きなデータで発表したことなかったのですが ( 小児外科の宿命として多変量解析に耐えられるだけの症例数が集まらないことが多い ) 、臨…

MacQiimeのインストール

0. はじめに 次世代シーケンサーのmiSeqを使用したmeta16Sのrunが終わったので、それを解析するための環境を整えていきます。Mac OS X Yosemite 10.10です。京都大学 東京大学 ( だいぶ前に以前のブログで指摘していただいていたようです、大変失礼しました )…

メトロニダゾールの懸濁法

メトロニダゾール(フラジール®)は水に溶けにくい薬剤です。マウスに溶解させたメトロニダゾールを経口投与したかったのですが、なかなか難しそう。酢酸などでpHを調整すると溶解できるようですが、酢酸自体も腸内細菌に影響を与えてしまうため、なるべく水が…

J Microbiol Methods.: 細菌検体の急冷処理でマイクロアレイデータの信頼性は上昇する 

www.ncbi.nlm.nih.gov J Microbiol Methods. 2006 Feb;64(2):207-16. Epub 2005 Jun 27. Quenching of microbial samples for increased reliability of microarray data. Pieterse B1, Jellema RH, van der Werf MJ. 糞便中のRNAをなるべく安定して抽出する…

Bioanalyzer®に関するまとめ

Bioanalyzerに関する情報でまとまったものがなかったので、いろいろと調べたことをここに書いておきます。 1.Bioanalyzerとは? Bioanalyzer®・バイオアナライザはAgligent Technology社から発売されている、マイクロチップ型の電気泳動 ( 細胞分析 ) 装置で…

Nature: 人工甘味料は腸内細菌叢を変化させることで耐糖能異常を引き起こす

www.ncbi.nlm.nih.gov Artificial sweeteners induce glucose intolerance by altering the gut microbiota. 最近、ネガティブな報告ばかり続く人工甘味料。腸内細菌に絡めた論文です。簡単に言うと人工甘味料 ( 特に本文ではサッカリンがメインに扱われてい…

CCAMとCPAM

先日、小児呼吸器外科研究会が開催されました。小児外科疾患の中では症例数も少なく、"マニアック"な印象もありますが、臨床上困ることや悩むことが多い疾患群でもあり、またあまり集中して勉強する機会がありませんでしたので、とても勉強になった会でした…