Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

日本のダブルスペース、海外のダブルスペース

はじめに Facebookでとある先生が「日本のダブルスペースの設定と海外のダブルスペースの設定が違うことを知らない人が多い」という旨の投稿をしたのが友人経由で流れてきました。正直、寝耳に水でした。 これはと思い、一流誌に載った論文を多数持つラボの…

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 2 ) レアファクション解析

はじめに 腸内細菌の論文を読み、多様性の話が出てくる時に避けて通れないのがレアファクション解析 ( Rarefaction解析 )。図表にしれっとグラフが登場するのに、material and methodsをきちんと読まないとあまり詳しく書かれていないレアファクション解析。…

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 1 ) 多様性

はじめに 何かと話題に事欠かない腸内細菌の研究と糞便移植。興味を持っている臨床医もたくさんいると思いますが、特に腸内細菌叢の次世代シーケンサーを使用した研究は、それまで見たことのない図表も多く、また生態学の知識も要求されるため、なかなか理解…

JMPファイルを何とかRに取り込もうとする…も撃沈する

0. はじめに 少し前から大学病院でJMP ( ジャンプ ) という統計ソフトの包括ライセンス契約を結んでいるらしく、JMPを使って解析をしたという話をよく聞くようになった。どうやら初学者にも使いやすくて好評らしい。聞いたことなかったので、なんだその怪し…

コホート内ケースコントロール研究: 2. コントロール群の抽出法

0. はじめに さて、この記事ではRとパッケージ"Epi"を用いて、コホート内ケースコントロール研究の被験者を実際に抽出していきたいと思います。データ・セットはRパッケージ{Epi}の中の"diet"を使用していきます。 コホート内ケースコントロール研究について…

コホート内ケースコントロール研究: 1. コホート内ケースコントロール研究とは?

0. はじめに 現在、私が関わっているプロジェクトでコホート内ケースコントロール研究を行うことになりました。というのも、腸内細菌叢や糞便中代謝物を測定するのには非常にお金がかかるので、集めた全検体を調べると大変なことになります。ですので、前向…

ELISAの測定結果をRで計算する ( 3 ) 回帰式を使って濃度を求める

それでは実際に吸光度の値からIgAの濃度を求めていきたいと思います。4パラメーターlogロジスティック回帰の結果を見てみましょう。summary()を使用します。 [code lang=r] summary(LL4) [/code] で結果を抽出すると Model fitted: Log-logistic (ED50 as pa…

ELISAの測定結果をRで計算する ( 2 ) 4パラメーターロジスティック曲線を描く

それでは、4パラメーターロジスティック曲線を描いて、回帰式からELISAの値を算出していきましょう。Rっで4パラメーターロジスティック曲線を描く方法はいくつかあるようですが、drcパッケージを使用します。こちらのサイトを参考にさせていただきました。ち…

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 3 ) HUMAnNを動かす

さて、準備が整ったのでHUMAnNを動かしてみましょう。結論から言うと、何度もエラーが起きて、なかなか解決できず骨が折れました。どうやらmacでのみいろいろとエラーが起きてしまう仕様の様です。最初に肝を書いておくと、

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 2 ) sconsとblastxのインストール

HUMAnNを走らせるための準備として、sconsとblast+のインストール方法を書きます。

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 1 ) はじめに

HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16S rRNAを用いた菌叢解析…

Gasteroenterology: γδ-T 細胞から産生されるIL-17と胆道閉鎖症

Interleukin-17, Produced by γδ-T Cells, Contributes to Hepatic Inflammation in a Mouse Model of Biliary Atresiaand is Increased in Livers of Patients. www.ncbi.nlm.nih.gov

肺分画症の血管走行

0. はじめに 肺分画症を手術する際に最も重要なことは、血管の走行を可能な限り把握し、予期せぬ血管損傷のリスクを最小限に留めておくことと考えられます。しかしその血管走行は単純ではありません。先日、肺葉内肺分画症の血管走行に関して議論があり、復…

Office365のアカウント認証が上手くいかない

久しぶりの更新で、いろいろな記事が途切れ途切れになっていますが、これからも少しずつマイペースにやっていきます。さて、Macユーザー待望のOffice for Mac 2016がリリースされました。 http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1507/10/news060.html">htt…

腸内細菌叢の成長: 生後1000日の変遷

はじめに onlinelibrary.wiley.com 次世代シーケンサーの普及により腸内細菌叢の解析が進み、新生児期から乳児期を経て成人型に腸内細菌叢がどの様に変化し、免疫システムの構築、アレルギー疾患をはじめとした免疫システムの異常に伴う疾患との関係性が少し…

わからない単語を英辞郎で検索するショートカットキーを作成する

はじめに 論文を読んでいてわからない単語が出てくると、みなさんどうしてますか?僕はMacのスクリーンで読むことがほとんどなので、三本指でタップすれば辞書.appが自動的に立ち上がってくれますが、専門用語だと載っていないことも多いです。 僕はアルクの…

Rでエラーバー付き折れ線グラフを書く ( 1 ) エラーバーとSDとSE

R !

エラーバーについて書いていこうと思います。エラーバーとは何かというと、棒グラフや折れ線グラフについているエ字の棒です。あれがあると統計分かってる風に見えて格好いいのもありますが、統計学的には非常に大切なことです。 まずエラーバーとはWikipedi…

多変量解析を導入するにあたって

学会とかで「多変量解析すると〜」などと言うとなんかもの凄い発表の様に聞こえますよね…臨床をやっているときはあまり大きなデータで発表したことなかったのですが ( 小児外科の宿命として多変量解析に耐えられるだけの症例数が集まらないことが多い ) 、臨…

菌叢解析結果の比較 ( 7 ) BH法をRで行う

R !

FDR制御のBH法をRで実際に行っていきます。Benjamini and Hochberg(1995)が提唱した方法で、下記の図が非常にわかりやすかったです。露崎先生のスライドから引用させいただきました。 簡単に説明すると、各群の間でphylum毎に菌叢変動認められるか検定し、得…

菌叢解析結果の比較 ( 6 ) FDR制御

R !

こちらの記事ははてなブログに引越しました。現在、他の記事も順次ブログを移行中です。ご迷惑をおかけしますが、今後も引き続きよろしくお願い致します。下記リンク先からアクセスをお願い致します。 多重検定

菌叢解析結果の比較 ( 5 ) 検定を一括で行い結果をcsvファイルにまとめる

R !

というわけで、以前の記事をまとめるて、if構文で繋げると以下の様になります。 [splus] BTable=NULL ATable=NULL FTable=NULL for ( i in 3:ncol(X)) { BP=bartlett.test(X[,i],X$Test)$p.value if(BP<0.01){ SD<-"" }else if(BP<0.05){ SD<-"*" }else{ SD<…

菌叢解析結果の比較 ( 4 ) フリードマン検定

この記事ではバートレット検定でp<0.05で分散が等しくないと判定したBacteria.__Candidate_division_TM7について行います。検定はフリードマン検定で行い、friedman.test関数を使用します。データセットは以前の記事のものを使用します。 friedman.test(変数…

菌叢解析結果の比較 ( 3 ) 二元配置分散分析

R !

前回の記事で、バートレット検定でphylumごとのrelative abundanceの分散が等しいかどうかを判定しました。p>0.05で分散が等しいと判定したphylumであるBacteria;__Actinobacteriaについて行います。データは引き続き前回のものを使います。Rで二元配置分散…

菌叢解析結果の比較 ( 2 ) バートレット検定

R !

今回はphylumごとのrelative abundanceの分散が各群で等しいのかどうかを判定します。前回の記事でバートレット検定をすれば良いということはわかりました。バートレット検定はこのサイトによると バートレット検定は、多群のデータの等分散性または分散の一…

菌叢解析結果の比較 ( 1 ) 検定法はどれを選ぶか?

R !

次世代シーケンサーで解析したmeta16Sの結果の統計学的処理をどうすればいいのか?ということについてまとめてみました。 5人から糞便サンプルを集めて、A-Eの5通りでDNAの抽出を行い、meta16Sをかけ抽出法の違いで細菌叢に差が出るか検討しました。話を簡便…

MacQiimeのインストール

0. はじめに 次世代シーケンサーのmiSeqを使用したmeta16Sのrunが終わったので、それを解析するための環境を整えていきます。Mac OS X Yosemite 10.10です。京都大学 東京大学 ( だいぶ前に以前のブログで指摘していただいていたようです、大変失礼しました )…

炎症性腸疾患において腸炎を惹起する細菌はIgAのコーティングによって識別できる Cell

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Cell. 2014 Aug 28;158(5):1000-10. doi: 10.1016/j.cell.2014.08.006. Immunoglobulin A coating identifies colitogenic bacteria in inflammatory bowel disease. Palm NW1, de Zoete MR2, Cullen TW3, Barry NA3, Stefanowski J1, Hao L4, Degnan PH3, H…

メトロニダゾールの懸濁法

メトロニダゾール(フラジール®)は水に溶けにくい薬剤です。マウスに溶解させたメトロニダゾールを経口投与したかったのですが、なかなか難しそう。酢酸などでpHを調整すると溶解できるようですが、酢酸自体も腸内細菌に影響を与えてしまうため、なるべく水が…

細菌検体を急冷処理によってマイクロアレイのデータの信頼性は上昇する J Microbiol Methods.

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J Microbiol Methods. 2006 Feb;64(2):207-16. Epub 2005 Jun 27. Quenching of microbial samples for increased reliability of microarray data. Pieterse B1, Jellema RH, van der Werf MJ. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15982764 糞便中のRNAを…

Bioanalyzer®に関するまとめ

Bioanalyzerに関する情報でまとまったものがなかったので、いろいろと調べたことをここに書いておきます。 1.Bioanalyzerとは? Bioanalyzer®・バイオアナライザはAgligent Technology社から発売されている、マイクロチップ型の電気泳動 ( 細胞分析 ) 装置で…