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Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

16S rRNA遺伝子解析の限界と予測メタゲノム解析 - Piphillinの導入

16S rRNA遺伝子解析の限界 16S rRNA遺伝子解析 ( 個人的には16S rRNA gene amplicon sequencingが正しい用語だと思っています )の発達と普及によって腸内細菌叢の研究は飛躍的に進み、今まで知りえなかった腸内細菌という臓器に関する新たな知見をたくさん生…

ELISAの測定結果をRで計算する 2. {drc}のインストールとGitHubからのデータのダウンロード

はじめに それでは、4パラメーターロジスティック曲線を描いて、回帰式からELISAの値を算出する、その前の下準備です。前回記事の続きです。 pediatricsurgery.hatenadiary.jp ELISAの測定結果をRで計算するために4パラメーターロジスティック曲線を使うまで…

ELISAの測定結果をRで計算する 1. 4パラメーターロジスティック曲線とは

R

ELISAの測定結果を求める時に、どうやっても検量線のR2が0.9前後になってしまって、なかなかいい値が出なくて困っていた時がありました。そもそもELISAの検量線はどう回帰させれば良いのか、実験を始めた当初はよくわかっていなかったので、同じ様な疑問を持…

メタボローム解析: パッケージroplsのtutorialをやってみた

1. はじめに OPLS-DAを行う際の強力なツールとして、パッケージroplsの使い方をまとめていきます。OPLD-DAだけでなく、PCA、PLS(-DA),OPLSも行うことができ、R2とQ2によるquality metrics、permutation diagnosis、VIP valuesの計算、外れ値を計測するため…

欠損値の種類と補完とRでのワークフロー

1. はじめに 実験データを扱う時に欠損値が出てしまうことはよくあると思います。欠損値を除いて解析をしたりすることも多いと思いますが、どうしても欠損値を含むデータを使用しなければいけないこともあると思います。欠損値を補完する方法はいろいろと開…

多重検定

はじめに 今回の記事では多重検定について調べてまとめたことを中心に書いていきます。多重検定については下記の2つのサイトが大変わかりやすく、参考にさせていただきました。 Bonferroni法、Holm法、False Discovery Rate | 大阪大学腎臓内科 DNAマイクロ…

LEfSeを実際にやってみる

実際にやってみる biobakery / biobakery / wiki / lefse — Bitbucket サンプルファイルをsample input fileからダウンロードします。なぜか名前が129になっているので注意して下さい。このファイルの概要を書いておくと。

LEfSeをインストールする

はじめに LEfSeとは簡単に言うと多重検定を考慮した解析を行ってくれるツールです。bioBakeryから使うこともできますし、webアプリケーションのGalaxyから使うこともできますが、最近、コチラは不安定なことが多いような気がします。 本当は僕もwebアプリケ…