Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

菌叢解析

mothur開発者によるmothurとQIIMEの比較

0. はじめに mothurもQIIMEも16S rRNAアンプリコンシーケンシング解析 ( 俗に言う菌叢解析 ) をするために使用するアプリケーションのうち、最も有名な2大アプリケーションです。 blog.mothur.org この記事はもともと ( よくわからず ) QIIMEを使っていた僕…

16S rRNA遺伝子解析の限界と予測メタゲノム解析 - Piphillinの導入

16S rRNA遺伝子解析の限界 16S rRNA遺伝子解析 ( 個人的には16S rRNA gene amplicon sequencingが正しい用語だと思っています )の発達と普及によって腸内細菌叢の研究は飛躍的に進み、今まで知りえなかった腸内細菌という臓器に関する新たな知見をたくさん生…

多重検定

0. はじめに 今回の記事では多重検定について調べてまとめたことを中心に書いていきます。多重検定については下記の2つのサイトが大変わかりやすく、参考にさせていただきました。 Bonferroni法、Holm法、False Discovery Rate | 大阪大学腎臓内科 DNAマイク…

LEfSeを実際にやってみる

実際にやってみる biobakery / biobakery / wiki / lefse — Bitbucket サンプルファイルをsample input fileからダウンロードします。なぜか名前が129になっているので注意して下さい。このファイルの概要を書いておくと。

LEfSeをインストールする

はじめに LEfSeとは簡単に言うと多重検定を考慮した解析を行ってくれるツールです。bioBakeryから使うこともできますし、webアプリケーションのGalaxyから使うこともできますが、最近、コチラは不安定なことが多いような気がします。 本当は僕もwebアプリケ…

bioBakeryのインストール

はじめに こちらのマニュアルを参考に進めていきます。 必要なソフトのインストール 1. VirtualBox VirtualBoxをインストールします。リンク先から.pkgファイルをダウンロードしてダブルクリックします。VirtualBoxは無料の仮想化ソフトです。自分の中にまた…

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 2 ) レアファクション解析

はじめに 腸内細菌の論文を読み、多様性の話が出てくる時に避けて通れないのがレアファクション解析 ( Rarefaction解析 )。図表にしれっとグラフが登場するのに、material and methodsをきちんと読まないとあまり詳しく書かれていないレアファクション解析。…

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 1 ) 多様性

はじめに 何かと話題に事欠かない腸内細菌の研究と糞便移植。興味を持っている臨床医もたくさんいると思いますが、特に腸内細菌叢の次世代シーケンサーを使用した研究は、それまで見たことのない図表も多く、また生態学の知識も要求されるため、なかなか理解…

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 3 ) HUMAnNを動かす

さて、準備が整ったのでHUMAnNを動かしてみましょう。結論から言うと、何度もエラーが起きて、なかなか解決できず骨が折れました。どうやらmacでのみいろいろとエラーが起きてしまう仕様の様です。最初に肝を書いておくと、

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 2 ) sconsとblastxのインストール

HUMAnNを走らせるための準備として、sconsとblast+のインストール方法を書きます。

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 1 ) はじめに

HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16S rRNAを用いた菌叢解析…

腸内細菌叢の成長: 生後1000日の変遷

はじめに onlinelibrary.wiley.com 次世代シーケンサーの普及により腸内細菌叢の解析が進み、新生児期から乳児期を経て成人型に腸内細菌叢がどの様に変化し、免疫システムの構築、アレルギー疾患をはじめとした免疫システムの異常に伴う疾患との関係性が少し…

菌叢解析結果の比較 ( 4 ) フリードマン検定

この記事ではバートレット検定でp<0.05で分散が等しくないと判定したBacteria.__Candidate_division_TM7について行います。検定はフリードマン検定で行い、friedman.test関数を使用します。データセットは以前の記事のものを使用します。 friedman.test(変数…

MacQiimeのインストール

0. はじめに 次世代シーケンサーのmiSeqを使用したmeta16Sのrunが終わったので、それを解析するための環境を整えていきます。Mac OS X Yosemite 10.10です。京都大学 東京大学 ( だいぶ前に以前のブログで指摘していただいていたようです、大変失礼しました )…

Nature: 人工甘味料は腸内細菌叢を変化させることで耐糖能異常を引き起こす

www.ncbi.nlm.nih.gov Artificial sweeteners induce glucose intolerance by altering the gut microbiota. 最近、ネガティブな報告ばかり続く人工甘味料。腸内細菌に絡めた論文です。簡単に言うと人工甘味料 ( 特に本文ではサッカリンがメインに扱われてい…

Nature: 肝硬変の患者におけるヒトの腸内細菌叢の変化

www.ncbi.nlm.nih.gov Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis. Introduction 肝硬変は重篤な肝疾患で、急性肝障害もしくは慢性肝障害の結果起こり、原因はアルコールや肥満、肝炎ウイルスなど様々である。非代償性の肝硬変へと進行し…