0. はじめに 統計モデリングを勉強したくて、Twitterのフォロワーさん方絶賛の久保先生の通称 " みどりぼん " を読んでみました。もちろんそのままでもわかりやすいのですが、データから自分でグラフを作っていくと、より理解が深まると思いました。せっかく…

0. はじめに 菌叢解析をしているとUnifrac distanceなどを計算して、各被験者の菌叢の全体像を被験者間で比較する必要 ( Beta diversity ) があると思います。またその全体像に違いがあった時に同じようなグループをまとめて1つのグループとして扱いたいとき…

0. はじめに それでは、4パラメーターロジスティック曲線を描いて、回帰式からELISAの値を算出していきます。前回記事の続きです。 pediatricsurgery.hatenadiary.jp この記事のコンテンツは 必要なパッケージのインストール ELISAデータをGitHubから入手す…

ELISAの測定結果を求める時に、どうやっても検量線のR2が0.9前後になってしまって、なかなかいい値が出なくて困っていた時がありました。そもそもELISAの検量線はどう回帰させれば良いのか、実験を始めた当初はよくわかっていなかったので、同じ様な疑問を持…

1. はじめに メタボローム解析を行う際に重要な解析方法である、PLS: 部分最小二乗法についてまとめてみました。参考サイトは8. 参考を見て下さい。

1. はじめに 実験データを扱う時に欠損値が出てしまうことはよくあると思います。欠損値を除いて解析をしたりすることも多いと思いますが、どうしても欠損値を含むデータを使用しなければいけないこともあると思います。欠損値を補完する方法はいろいろと開…

Twitterでフォローしていつも勉強させていただいている先生のtweetで印象深いものがあったので、引用させていただきます。 さらば、P値。理由は再現性の欠如。サンプルサイズがよほど巨大でもない限り、たとえ同様の研究を繰り返したところで、得られるP値は…

0. はじめに 少し前から大学病院でJMP ( ジャンプ ) という統計ソフトの包括ライセンス契約を結んでいるらしく、JMPを使って解析をしたという話をよく聞くようになった。どうやら初学者にも使いやすくて好評らしい。聞いたことなかったので、なんだその怪し…

0. はじめに さて、この記事ではRとパッケージ"Epi"を用いて、コホート内ケースコントロール研究の被験者を実際に抽出していきたいと思います。データ・セットはRパッケージ{Epi}の中の"diet"を使用していきます。 コホート内ケースコントロール研究について…

0. はじめに 現在、私が関わっているプロジェクトでコホート内ケースコントロール研究を行うことになりました。というのも、腸内細菌叢や糞便中代謝物を測定するのには非常にお金がかかるので、集めた全検体を調べると大変なことになります。ですので、前向…

0. はじめに エラーバーについて書いていこうと思います。エラーバーとは何かというと、棒グラフや折れ線グラフについているエ字の棒です。かっこいいグラフにはよくついているやつですが、きちんと意味を知っていることが非常に大切なことだと思いますので…

学会とかで「多変量解析すると〜」などと言うとなんかもの凄い発表の様に聞こえますよね…臨床をやっているときはあまり大きなデータで発表したことなかったのですが ( 小児外科の宿命として多変量解析に耐えられるだけの症例数が集まらないことが多い ) 、臨…