Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

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腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 2 ) レアファクション解析

はじめに 腸内細菌の論文を読み、多様性の話が出てくる時に避けて通れないのがレアファクション解析 ( Rarefaction解析 )。図表にしれっとグラフが登場するのに、material and methodsをきちんと読まないとあまり詳しく書かれていないレアファクション解析。…

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 1 ) 多様性

はじめに 何かと話題に事欠かない腸内細菌の研究と糞便移植。興味を持っている臨床医もたくさんいると思いますが、特に腸内細菌叢の次世代シーケンサーを使用した研究は、それまで見たことのない図表も多く、また生態学の知識も要求されるため、なかなか理解…

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 3 ) HUMAnNを動かす

さて、準備が整ったのでHUMAnNを動かしてみましょう。結論から言うと、何度もエラーが起きて、なかなか解決できず骨が折れました。どうやらmacでのみいろいろとエラーが起きてしまう仕様の様です。最初に肝を書いておくと、

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 2 ) sconsとblastxのインストール

HUMAnNを走らせるための準備として、sconsとblast+のインストール方法を書きます。

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 1 ) はじめに

HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16S rRNAを用いた菌叢解析…

CCAMとCPAM

先日、小児呼吸器外科研究会が開催されました。小児外科疾患の中では症例数も少なく、"マニアック"な印象もありますが、臨床上困ることや悩むことが多い疾患群でもあり、またあまり集中して勉強する機会がありませんでしたので、とても勉強になった会でした…