Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

Dockerを使ってLEfSeを超簡単に実行する

16S rRNAアンプリコンシーケンシングによる菌叢解析をする際、relative abundanceの群間の検定には、多くの論文でLEfSeが使われています。 galaxyproject.org LEfSeのインストールは、一昔前はそれなりに大変で、こんな記事を書いたりしたものです。 pediatr…

LIPID MAPSによる脂質の分類の階層テーブルを作成する

はじめに 脂溶性代謝物の解析をしており、いろいろと調べています。脂質の分類には古典的にはBloorの分類というものがあるようですが、この分類には当てはまらない物質も数多く存在するため、あまり厳密ではないようです。 ja.wikipedia.org どうやら、最近…

Rの計算終了時に{mailR}を使って通知を飛ばして生産性を上げる

R

はじめに 時間がかかるスクリプトを走らせてる間、僕はついTwitterを見てしまうのですが、いつも処理が終わったのに気づかず、ダラダラとTwitterを見続けてしまっていました。計算が終わった時点で通知がくればいいなと思って、方法をいろいろ調べてみたので…

{omu}を使用した代謝物データとKEGGの解析

{omu}とは install.packages("omu") library(omu) omuはメタボロミクスデータセットの迅速な解析と直感的なグラフ作成を可能にするRパッケージです。統計解析はもちろんできますが、データセット内の代謝物に代謝物クラス (炭水化物、脂質など) を割り当て、…

Apple IDを入力した際に出る "不明なエラーが起きました" の対処法

システム環境設定からiCloudにサインインすると、"不明なエラーが起きました" もしくは “An unknown error occurred” と出てログインできなくなるという問題が生じました。環境は MacOS 10.15 MacBook (12inch) 2017 late です。ちなみにブラウザからiCloud…

SeleniumでNCD検索システムから全経験手術症例を1つのCSVファイルに抽出する

はじめに とある事情により、自分の経験症例数を算出する必要がありました。一般外科医であれば、自分の登録症例はすべてNCDに登録されていると思います。自分の経験症例を検索するにはNCD検索システムにアクセスする必要があります。 NCD検索システム 手術…

SeleniumとPythonでスクレイピングをやるために必要な準備

はじめに Twitterで少し前に「業務ハックしてクビにならないために」というエントリが話題になったと思います。 note.com 昔からスクレイピングというものをやってみたいとずっと思っていたのですが、このエントリでSeleniumというもの存在を知り、劇的に業…

鈍的肝腎脾損傷における早期離床の安全性

はじめに October 20, 2008 Safety of Early Mobilization of Patients With Blunt Solid Organ Injuries Jason A. London, MD, MPH; Lisa Parry, BS; Joseph Galante, MD; et al Arch Surg. 2008;143(10):972-976. doi:10.1001/archsurg.143.10.972 だいぶ…

ロイガヴェーグルトレッキングに実際に行ってわかったこと

7月の第1週、ちょっと早めに夏休みをとってアイスランドに行ってきました。Laugavegur (ロイガヴェーグル) というルートでトレッキングをするというのが一番の目的でした。実は海外トレッキングをする際にいつも参考にさせてもらっているブログがあるのです…

学会発表で悩めるMacユーザーに贈る、Windows PCで確実にプレゼンする方法

R

はじめに Macユーザーの皆さんは学会でのプレゼンテーションはどうしていますでしょうか? 1つの解決策としてはWindowsとの共用フォントを使えばいいのだと思いますが、Windowsで最適とされるフォントの組み合わせがMacでうまいこと使えなかったり、そもそも…

【PythonとOpenCVで簡易OMR(マークシートリーダ)を作る】を初心者が理解するために③

0. はじめに qiita.com この記事は@sbtseijiさんがQiitaに投稿した記事をPython初心者が、その仕組みを理解して実行できるようになるために一歩一歩進んでいくための記事の第3回目です。上級者はおそらく元記事を見れば理解できると思いますが、素人にはなか…

【PythonとOpenCVで簡易OMR(マークシートリーダ)を作る】を初心者が理解するために②

0. はじめに qiita.com この記事は@sbtseijiさんがQiitaに投稿した記事をPython初心者が、その仕組みを理解して実行できるようになるために一歩一歩進んでいくための記事の第2回目です。上級者はおそらく元記事を見れば理解できると思いますが、素人にはなか…

【PythonとOpenCVで簡易OMR(マークシートリーダ)を作る】を初心者が理解するために①

0. はじめに qiita.com この記事は@sbtseijiさんがQiitaに投稿した記事をPython初心者が、その仕組みを理解して実行できるようになるために一歩一歩進んでいくための記事です。上級者はおそらく元記事を見れば理解できると思いますが、素人にはなかなか難し…

Python初心者がnumpyとOpenCVをインストールするためにしたこと

はじめに 臨床データを呼吸するように集めていく、というのは僕の一つの目標なのですが、自作のマークシートがあればいろいろと面白いことができないかな?と思っていました。 www.scanet.jp 業者に頼むのが一番手っ取り早かったの、スキャネットさんの担当…

Rで細菌に有効な抗菌薬を探せるようにSanfordの表からデータを整形する

0. はじめに 今している仕事で、どの細菌にどの種類の抗菌薬が一般的に推奨されないのか?といったことを客観的に示す必要がありました。SanfordからはTableという形ではデータは手に入るのですが、もちろんそのままでは使えず、これをデータ処理に使えるよ…

知る人ぞ知る美食の街・リマのおすすめレストラン

知る人ぞ知る美食の街、リマ。ペルー料理自体が本当にどこに行っても美味しいのですが、リマは世界一周旅行者の中でも有名な美食の街。中でも、世界一美味しいイカ墨パスタが食べられるレストランがあるということで、ずっとリマで食い倒れをすることを楽し…

サンタクルス谷トレッキング 装備編・食

1. 調理器具 実は今回のトレッキングで一番心配していたのが、調理器具でした。当然、4日間、料理をしないと死んでしまうわけなのですが、燃料を調達できるか?というところがネックでした。日本からは飛行機に乗せることができないので ( 手荷物じゃなくて…

サンタクルス谷トレッキング:装備・衣住編

3泊4日のサンタクルス谷トレッキングに必要な装備についてまとめてみました。何を持っていくか、出国前にいろいろと迷ったので、まとめておきます。参考にしていただければ。今回は衣食住のうち衣と住に関してです。 ちなみに僕が行ったのは9月初旬でしたが…

総排泄腔遺残症 ( Persistent Cloaca ) のまとめ

概要 総排泄腔遺残症 ( Persistent Cloaca ) は、女児の直腸肛門奇形の特殊型で、尿道、腟、直腸が総排泄腔という共通管に合流し、共通管のみが会陰部に開口する稀少難治性泌尿生殖器疾患 6. より引用 女児にしか発生しない疾患 重症: 総排泄腔の長さ…

ジョージア旅情報: ウシュグリトレッキング ( 後編 )

ヨーロッパ最後の秘境と言われ、旅行人のコーカサス特集の表紙にもなっている村、ウシュグリへの2泊3日のトレッキングについてまとめた記事の後編です。そこまで難しいルートではなくおすすめのトレッキングコースです。 旅行人163号特集コーカサス〜アゼル…

ジョージア旅情報: ウシュグリトレッキング ( 前編 )

メスティアでは丘の上の十字架を見に行くトレッキングが日本人に人気なようですが、メスティアからウシュグリ村までトレッキングするコースもあって、ヨーロッパの人たちには割と人気なようです。 meetsourcetrip.com ウシュグリ村は記事にもあるように、ヨ…

Rパッケージのtabulizerをインストールするのにえらく苦労した話

R

0. はじめに とあるテーブルデータを依頼したらPDFファイルで届いたということはよくあることだと思います。PDFをtableファイルに変換する方法はいろいろあると思いますが、手軽なのはアップロードしてくれると.xslxや.csvに変換してくれる、PDFTableでしょ…

2-1. 緑本とggplot2: カウントデータとポワソン分布

0. はじめに 統計モデリングを勉強したくて、Twitterのフォロワーさん方絶賛の久保先生の通称 " みどりぼん " を読んでみました。もちろんそのままでもわかりやすいのですが、データから自分でグラフを作っていくと、より理解が深まると思いました。せっかく…

小児水腎症の評価のための利尿レノグラム

1. 特徴 利尿負荷後のレノグラムのパターン ( washout curve ) によって閉塞の有無や程度を評価する 通常のレノグラフィでは軽度の水腎症でもレノグラムのカーブは閉塞パターンを示してしまうことが多いため利尿負荷をかける 分腎機能と尿路通…

ggplot2でviolin plotとdotplotの両方で可視化する

今回はこんな感じのグラフを描けるようになることを目標にします。 0. はじめに 第68回TokyoRは盛況に終わったようです。地方都市に住んでいる自分はなかなか参加できず ( ドタキャンして大変申し訳ありません ) 、運営のみなさんが流してくださったツイキャ…

興味のある遺伝子を他のどんな種類の細菌が保有しているかBLASTNと{rentrez}を使って調べる

0. はじめに ここでは興味を持った細菌の遺伝子、もしくは遺伝子配列を、どんな種類の他の細菌が持っているのかを知りたい時にやってみたことをまとめておきます。 KEGGとNCBIでシーケンスを取得 BLASTNで検索 Rの{rentrez}で情報を整理 という感じになりま…

{vegan}を使った菌叢解析の階層的クラスター分析とクラスタリング

0. はじめに 菌叢解析をしているとUnifrac distanceなどを計算して、各被験者の菌叢の全体像を被験者間で比較する必要 ( Beta diversity ) があると思います。またその全体像に違いがあった時に同じようなグループをまとめて1つのグループとして扱いたいとき…

Word 2016でEndNoteのツールバーが消えた時の対応

論文を書こうと思ってWordを開いてたら、いつの間にやらEndnoteとの連携が解除されていました。実は今までも同じようなことがあって、何度も検索を繰り返しているので、備忘録代わりにメモしておきます。何か不安定ですよねーWordとEndNote。 結論から言うと…

mothur開発者によるmothurとQIIMEの比較

0. はじめに mothurもQIIMEも16S rRNAアンプリコンシーケンシング解析 ( 俗に言う菌叢解析 ) をするために使用するアプリケーションのうち、最も有名な2大アプリケーションです。 blog.mothur.org この記事はもともと ( よくわからず ) QIIMEを使っていた僕…

Atomのおすすめパッケージを一括インストールする

はじめに 研究をはじめてテキストエディタというものの存在を知り、markdownと出会いもありなくてはならない存在になったテキストエディタ。 CotEditor Sublime3 Atom hackmd.io kobito MarkRight と浮気しまくって最後にAtomに戻ってきました。自分用にAtom…