16S rRNA遺伝子解析の限界と予測メタゲノム解析 - Piphillinの導入
16S rRNA遺伝子解析の限界
16S rRNA遺伝子解析 ( 個人的には16S rRNA gene amplicon sequencingが正しい用語だと思っています )の発達と普及によって腸内細菌叢の研究は飛躍的に進み、今まで知りえなかった腸内細菌という臓器に関する新たな知見をたくさん生み出してきました。しかし16S rRNA遺伝子解析で直接わかるのは菌の構成割合だけで、それがどう宿主に作用しているのか?ということまでは明らかにすることができません。
続きを読むELISAの測定結果をRで計算する 2. 4パラメーターロジスティック回帰で吸光度から濃度を求める
0. はじめに
それでは、4パラメーターロジスティック曲線を描いて、回帰式からELISAの値を算出していきます。前回記事の続きです。
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この記事のコンテンツは
となります。尚、本記事は前ブログの記事を大幅加筆修正したものです。前ブログでの誤りなども記載しておりますので、ご参考いただければと思います。
続きを読むELISAの測定結果をRで計算する 1. 4パラメーターロジスティック曲線とは
ELISAの測定結果を求める時に、どうやっても検量線のR2が0.9前後になってしまって、なかなかいい値が出なくて困っていた時がありました。そもそもELISAの検量線はどう回帰させれば良いのか、実験を始めた当初はよくわかっていなかったので、同じ様な疑問を持っている方の1つの解決策になればと思って記事を書きます。
実際の計算法はこちら pediatricsurgery.hatenadiary.jp
続きを読むGitのテクニカルタームのまとめ
はじめに
Gitという言葉をよく聞くようになり、ファイルを管理するのに便利そうだということはわかっていたのですが、Git特有の言葉が多く全体像をつかめずにいてなかなか導入できずにいました。Gitに関してはサルでもわかるGit入門というサイトが超わかりやすいのでおすすめです。完全にこちらのサイトの記載を自分のメモ用に箇条書きに直しただけなので、基本は上記サイトを参照下さい。
なぜGitを使いたいと思ったかですが、1つには研究で使用したRの.rmdファイルのバージョン違いが複数出てしまって、どのバージョンがどの記載をしてどんな変更を加えたか?ということが全然把握できない上に、同じようなファイルがたくさんできてしまってフォルダが美しくなくなってしまったから。もう1つには、主に臨床用のメモをテキストファイルとして保存してぱっと参照できるようにしているのですが、最近、markdownを使うようになったので、綺麗に表示できるサービスがあまりないのです。GitHubなどではmarkdownテキストを綺麗に表示できるため、使ってみたいと思いました。これを機にしっかりと勉強して使いこなしたいです。
続きを読むメタボローム解析: パッケージroplsのtutorialをやってみた
1. はじめに
OPLS-DAを行う際の強力なツールとして、パッケージroplsの使い方をまとめていきます。OPLD-DAだけでなく、PCA、PLS(-DA),OPLSも行うことができ、R2とQ2によるquality metrics、permutation diagnosis、VIP valuesの計算、外れ値を計測するためのscoreとorthogonal distanceの計算もでき、様々なグラフも描画することができます。OPLS-DAに関しては、前回記事を参照にして下さい。
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