Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

16S rRNA遺伝子解析の限界と予測メタゲノム解析 - Piphillinの導入

16S rRNA遺伝子解析の限界

16S rRNA遺伝子解析 ( 個人的には16S rRNA gene amplicon sequencingが正しい用語だと思っています )の発達と普及によって腸内細菌叢の研究は飛躍的に進み、今まで知りえなかった腸内細菌という臓器に関する新たな知見をたくさん生み出してきました。しかし16S rRNA遺伝子解析で直接わかるのは菌の構成割合だけで、それがどう宿主に作用しているのか?ということまでは明らかにすることができません。

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ELISAの測定結果をRで計算する 2. 4パラメーターロジスティック回帰で吸光度から濃度を求める

0. はじめに

それでは、4パラメーターロジスティック曲線を描いて、回帰式からELISAの値を算出していきます。前回記事の続きです。

pediatricsurgery.hatenadiary.jp

この記事のコンテンツは

  1. 必要なパッケージのインストール
  2. ELISAデータをGitHubから入手する
  3. バックグラウンドの値を差し引く
  4. スタンダードの散布図を描く
  5. 4パラメーターロジスティック回帰の回帰式を求めて予測値を求める

となります。尚、本記事は前ブログの記事を大幅加筆修正したものです。前ブログでの誤りなども記載しておりますので、ご参考いただければと思います。

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ELISAの測定結果をRで計算する 1. 4パラメーターロジスティック曲線とは

ELISAの測定結果を求める時に、どうやっても検量線のR2が0.9前後になってしまって、なかなかいい値が出なくて困っていた時がありました。そもそもELISAの検量線はどう回帰させれば良いのか、実験を始めた当初はよくわかっていなかったので、同じ様な疑問を持っている方の1つの解決策になればと思って記事を書きます。

実際の計算法はこちら pediatricsurgery.hatenadiary.jp

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Gitのテクニカルタームのまとめ

はじめに

Gitという言葉をよく聞くようになり、ファイルを管理するのに便利そうだということはわかっていたのですが、Git特有の言葉が多く全体像をつかめずにいてなかなか導入できずにいました。Gitに関してはサルでもわかるGit入門というサイトが超わかりやすいのでおすすめです。完全にこちらのサイトの記載を自分のメモ用に箇条書きに直しただけなので、基本は上記サイトを参照下さい。

なぜGitを使いたいと思ったかですが、1つには研究で使用したRの.rmdファイルのバージョン違いが複数出てしまって、どのバージョンがどの記載をしてどんな変更を加えたか?ということが全然把握できない上に、同じようなファイルがたくさんできてしまってフォルダが美しくなくなってしまったから。もう1つには、主に臨床用のメモをテキストファイルとして保存してぱっと参照できるようにしているのですが、最近、markdownを使うようになったので、綺麗に表示できるサービスがあまりないのです。GitHubなどではmarkdownテキストを綺麗に表示できるため、使ってみたいと思いました。これを機にしっかりと勉強して使いこなしたいです。

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新生児の消化管出血の初期対応

はじめに

新生児の消化管出血 ( 吐血・下血 ) は頻度はあまり高くないが、緊急性を要することが多いです。兎にも角にも中腸軸捻転を否定することが重要ですし、できない場合は小児外科にコンサルトが絶対に必要です。さらっと初期対応のポイントをまとめてみました。大事なことは

  1. バイタルサインを見て晶質液のボーラス投与を躊躇しない
  2. 問診をしっかりとって原因を絞る
  3. 腹部膨満・胆汁性嘔吐・全身状態不良が1つでもあれば中腸軸捻転を考慮して小児外科コンサルト
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