2017-01-23

Gitのテクニカルタームのまとめ

Git

はじめに

Gitという言葉をよく聞くようになり、ファイルを管理するのに便利そうだということはわかっていたのですが、Git特有の言葉が多く全体像をつかめずにいてなかなか導入できずにいました。Gitに関してはサルでもわかるGit入門というサイトが超わかりやすいのでおすすめです。完全にこちらのサイトの記載を自分のメモ用に箇条書きに直しただけなので、基本は上記サイトを参照下さい。

なぜGitを使いたいと思ったかですが、1つには研究で使用したRの.rmdファイルのバージョン違いが複数出てしまって、どのバージョンがどの記載をしてどんな変更を加えたか？ということが全然把握できない上に、同じようなファイルがたくさんできてしまってフォルダが美しくなくなってしまったから。もう1つには、主に臨床用のメモをテキストファイルとして保存してぱっと参照できるようにしているのですが、最近、markdownを使うようになったので、綺麗に表示できるサービスがあまりないのです。GitHubなどではmarkdownテキストを綺麗に表示できるため、使ってみたいと思いました。これを機にしっかりと勉強して使いこなしたいです。

2017-01-22

新生児の消化管出血の初期対応

はじめに

新生児の消化管出血 ( 吐血・下血 ) は頻度はあまり高くないが、緊急性を要することが多いです。兎にも角にも中腸軸捻転を否定することが重要ですし、できない場合は小児外科にコンサルトが絶対に必要です。さらっと初期対応のポイントをまとめてみました。大事なことは

バイタルサインを見て晶質液のボーラス投与を躊躇しない
問診をしっかりとって原因を絞る
腹部膨満・胆汁性嘔吐・全身状態不良が1つでもあれば中腸軸捻転を考慮して小児外科コンサルト

2017-01-10

Hirschsprung病の術式

小児外科

1. 手術の原則

無神経説腸管の切除
アカラシアを示す内肛門括約筋への対処

2. 三大手術の概要

* A, Soave. B, Swenson. C, Duhamel

2016-12-18

Clustal OmegaでFASTAから系統樹を作成する

多様性の計算のために必要なこと

細かいことは抜きにして多様性を計算するためには、FASTAファイルを系統樹を描くためのフォーマット.phに変換する必要があります。ちなみにQiimeを使用している場合は、Qiimeのコマンドから作成することができます。今回は手元にFASTAファイルだけがある場合の多様性の計算のための準備です。ちなみにFASTAはDNAの塩基配列やたんぱく質のアミノ酸配列のシーケンス文字列を記録したファイルです。

FASTA - Draft of Pediatric Surgery

2016-11-21

メタボローム解析: パッケージroplsのtutorialをやってみた

メタボローム解析 R

1. はじめに

OPLS-DAを行う際の強力なツールとして、パッケージroplsの使い方をまとめていきます。OPLD-DAだけでなく、PCA、PLS(-DA)，OPLSも行うことができ、R2とQ2によるquality metrics、permutation diagnosis、VIP valuesの計算、外れ値を計測するためのscoreとorthogonal distanceの計算もでき、様々なグラフも描画することができます。OPLS-DAに関しては、前回記事を参照にして下さい。

pediatricsurgery.hatenadiary.jp