Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

Clustal OmegaでFASTAから系統樹を作成する

多様性の計算のために必要なこと

細かいことは抜きにして多様性を計算するためには、FASTAファイルを系統樹を描くためのフォーマット.phに変換する必要があります。ちなみにQiimeを使用している場合は、Qiimeのコマンドから作成することができます。今回は手元にFASTAファイルだけがある場合の多様性の計算のための準備です。ちなみにFASTAはDNAの塩基配列やたんぱく質のアミノ酸配列のシーケンス文字列を記録したファイルです。

FASTA - Draft of Pediatric Surgery

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メタボローム解析: パッケージroplsのtutorialをやってみた

メタボローム解析 R

1. はじめに

OPLS-DAを行う際の強力なツールとして、パッケージroplsの使い方をまとめていきます。OPLD-DAだけでなく、PCA、PLS(-DA)，OPLSも行うことができ、R2とQ2によるquality metrics、permutation diagnosis、VIP valuesの計算、外れ値を計測するためのscoreとorthogonal distanceの計算もでき、様々なグラフも描画することができます。OPLS-DAに関しては、前回記事を参照にして下さい。

pediatricsurgery.hatenadiary.jp

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メタボローム解析: PLS ( 部分最小二乗法 )

メタボローム解析 統計学

1. はじめに

メタボローム解析を行う際に重要な解析方法である、PLS: 部分最小二乗法についてまとめてみました。参考サイトは8. 参考を見て下さい。

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欠損値の種類と補完とRでのワークフロー

R 統計学

1. はじめに

実験データを扱う時に欠損値が出てしまうことはよくあると思います。欠損値を除いて解析をしたりすることも多いと思いますが、どうしても欠損値を含むデータを使用しなければいけないこともあると思います。欠損値を補完する方法はいろいろと開発されているようです。

norimune.net

http://fixxman.hatenablog.com/entry/2015/10/06/045417fixxman.hatenablog.com

途中まで書いていて、まったく同じ記事で質が段違いの記事があるじゃないかと思いましたが、殆ど書いてしまったので引用させてもらいながら続けます。

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RCytoscapeの導入 ( RからCytoscapeを動かす )

はじめに

Cytoscapeはネットワーク解析を行う際に非常に強力なツールとなりますが、いかんせんポチポチ操作するのが冗長。Cytoscapeに放り込むファイルはRから作ることが多いので、なんとかRとCytoscapeを連携することができないか？と探してみると、いくつか候補がみつかりました。

http://qiita.com/HirofumiYashima/items/8ddd7a6d489a8f3b30d5qiita.com

www.slideshare.net

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肺嚢胞性疾患の定義・病態・胎児診断

小児外科

1. 定義

狭義の定義

  • 気管支性肺嚢胞
  • 肺葉内肺分画症
  • 先天性嚢胞性腺腫様奇形 ( congenital cystic adenomatoid malformation: CCAM )
  • 胸膜直下の気腫性嚢胞 ( ブラ、ブレブなど )
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「さらば、p値」 p値とエフェクトサイズと信頼区間

統計学

Twitterでフォローしていつも勉強させていただいている先生のtweetで印象深いものがあったので、引用させていただきます。

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多重検定

R 菌叢解析

0. はじめに

今回の記事では多重検定について調べてまとめたことを中心に書いていきます。多重検定については下記の2つのサイトが大変わかりやすく、参考にさせていただきました。

Bonferroni法、Holm法、False Discovery Rate | 大阪大学腎臓内科

www.slideshare.net

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