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Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

Hirschsprung病の術式

小児外科

1. 手術の原則

  • 無神経説腸管の切除
  • アカラシアを示す内肛門括約筋への対処

2. 三大手術の概要

* A, Soave. B, Swenson. C, Duhamel

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Clustal OmegaでFASTAから系統樹を作成する

多様性の計算のために必要なこと

細かいことは抜きにして多様性を計算するためには、FASTAファイルを系統樹を描くためのフォーマット.phに変換する必要があります。ちなみにQiimeを使用している場合は、Qiimeのコマンドから作成することができます。今回は手元にFASTAファイルだけがある場合の多様性の計算のための準備です。ちなみにFASTAはDNAの塩基配列たんぱく質アミノ酸配列のシーケンス文字列を記録したファイルです。

FASTA - Draft of Pediatric Surgery

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メタボローム解析: パッケージroplsのtutorialをやってみた

メタボローム解析 R

1. はじめに

OPLS-DAを行う際の強力なツールとして、パッケージroplsの使い方をまとめていきます。OPLD-DAだけでなく、PCA、PLS(-DA),OPLSも行うことができ、R2とQ2によるquality metrics、permutation diagnosis、VIP valuesの計算、外れ値を計測するためのscoreとorthogonal distanceの計算もでき、様々なグラフも描画することができます。OPLS-DAに関しては、前回記事を参照にして下さい。

pediatricsurgery.hatenadiary.jp

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メタボローム解析: PLS ( 部分最小二乗法 )

メタボローム解析 統計学

1. はじめに

メタボローム解析を行う際に重要な解析方法である、PLS: 部分最小二乗法についてまとめてみました。参考サイトは8. 参考を見て下さい。

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欠損値の種類と補完とRでのワークフロー

R 統計学

1. はじめに

実験データを扱う時に欠損値が出てしまうことはよくあると思います。欠損値を除いて解析をしたりすることも多いと思いますが、どうしても欠損値を含むデータを使用しなければいけないこともあると思います。欠損値を補完する方法はいろいろと開発されているようです。

norimune.net

fixxman.hatenablog.com

途中まで書いていて、まったく同じ記事で質が段違いの記事があるじゃないかと思いましたが、殆ど書いてしまったので引用させてもらいながら続けます。

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