欠損値の種類と補完とRでのワークフロー
1. はじめに
実験データを扱う時に欠損値が出てしまうことはよくあると思います。欠損値を除いて解析をしたりすることも多いと思いますが、どうしても欠損値を含むデータを使用しなければいけないこともあると思います。欠損値を補完する方法はいろいろと開発されているようです。
http://fixxman.hatenablog.com/entry/2015/10/06/045417fixxman.hatenablog.com
途中まで書いていて、まったく同じ記事で質が段違いの記事があるじゃないかと思いましたが、殆ど書いてしまったので引用させてもらいながら続けます。
続きを読むRCytoscapeの導入 ( RからCytoscapeを動かす )
はじめに
Cytoscapeはネットワーク解析を行う際に非常に強力なツールとなりますが、いかんせんポチポチ操作するのが冗長。Cytoscapeに放り込むファイルはRから作ることが多いので、なんとかRとCytoscapeを連携することができないか？と探してみると、いくつか候補がみつかりました。
http://qiita.com/HirofumiYashima/items/8ddd7a6d489a8f3b30d5qiita.com
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肺嚢胞性疾患の定義・病態・胎児診断
1. 定義
狭義の定義
- 気管支性肺嚢胞
- 肺葉内肺分画症
- 先天性嚢胞性腺腫様奇形 ( congenital cystic adenomatoid malformation: CCAM )
- 胸膜直下の気腫性嚢胞 ( ブラ、ブレブなど )
「さらば、p値」 p値とエフェクトサイズと信頼区間
Twitterでフォローしていつも勉強させていただいている先生のtweetで印象深いものがあったので、引用させていただきます。
さらば、P値。理由は再現性の欠如。サンプルサイズがよほど巨大でもない限り、たとえ同様の研究を繰り返したところで、得られるP値はばらばら。http://t.co/ceKEF1Nb2I
— kouta ito (@itokouta) 2015年3月15日
続きを読む元文献はNature Methods。注目すべきは、エフェクトサイズと95％信頼区間。差異の有無ではなく、差異の大きさ。http://t.co/KoHvdiKVaA
— kouta ito (@itokouta) 2015年3月15日
多重検定
0. はじめに
今回の記事では多重検定について調べてまとめたことを中心に書いていきます。多重検定については下記の2つのサイトが大変わかりやすく、参考にさせていただきました。
Bonferroni法、Holm法、False Discovery Rate | 大阪大学腎臓内科
www.slideshare.net 続きを読む
LEfSeを実際にやってみる
実際にやってみる
biobakery / biobakery / wiki / lefse — Bitbucket
サンプルファイルをsample input fileからダウンロードします。なぜか名前が129になっているので注意して下さい。このファイルの概要を書いておくと。
bioBakeryのインストール
はじめに
こちらのマニュアルを参考に進めていきます。
必要なソフトのインストール
1. VirtualBox
VirtualBoxをインストールします。リンク先から.pkgファイルをダウンロードしてダブルクリックします。VirtualBoxは無料の仮想化ソフトです。自分の中にまた別のOS環境を構築することができます。
2. Vagrant
Vagrantをインストールします。これもリンク先から.pkgファイル -> ダブルクリックでOKです。Vagrantに関してはまったく知りませんでしたのでQiitaから引用します。難しいのですが便利そうなのはよくわかりました。 qiita.com
これはなに?
仮想マシン(以下 "VM")を動かす仮想化ソフトの超すごいラッパーツール。 VirtualBoxなどの仮想化ソフトの操作を、ものすごく親切に代行してくれます。 VMの構成を Vagrantfile というテキストに記述してVagrantに任せることで、ネットワークドライバの設定などを意識すること無く、ホスト環境に依存しない形で整備してもらえます。
なにに使う?
ゲストOSがインストールされたVMを整備するのに使います。 Vagrant Cloud にあらかじめ用意されている「box」というVMイメージを指定してコマンドを実行するだけで、OSインストール済みのVMを作成し、ネットワーク設定やSSH環境の整備までやってくれます。 また、VMの構成内容を Vagrantfile というテキストファイルとしてコード化できます。
具体的に何がどう楽になる?
VMの構成を Vagrantfile に記述して vagrant up コマンドを実行するだけで、すぐに完全な環境を整備できます。 VirtualBoxでVMを作って、GuestAdditionsを入れて、ゲストOSをダウンロード&インストールして、sshdを立てて、SSHでログインして、ミドルウェアを入れて…といった大変な作業がバッサリカットできます。
bioBakeryをダウンロードして開く
コチラからダウンロードします。.tar.gzファイルを開くとフォルダの中にMacOSの場合は"start_biobakery.command"というファイルがありますので、これをterminalから開きます。するとインストールが始まりますが、かなり時間がかかるので心して行って下さい。6GBくらいの容量の余裕があった方がいいと思われます。
