Note of Pediatric Surgery

腸内細菌、R、ときどき小児外科

RCytoscapeの導入 ( RからCytoscapeを動かす )

はじめに

Cytoscapeはネットワーク解析を行う際に非常に強力なツールとなりますが、いかんせんポチポチ操作するのが冗長。Cytoscapeに放り込むファイルはRから作ることが多いので、なんとかRとCytoscapeを連携することができないか？と探してみると、いくつか候補がみつかりました。

http://qiita.com/HirofumiYashima/items/8ddd7a6d489a8f3b30d5qiita.com

www.slideshare.net

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「さらば、p値」 p値とエフェクトサイズと信頼区間

統計学

Twitterでフォローしていつも勉強させていただいている先生のtweetで印象深いものがあったので、引用させていただきます。

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多重検定

R 菌叢解析

0. はじめに

今回の記事では多重検定について調べてまとめたことを中心に書いていきます。多重検定については下記の2つのサイトが大変わかりやすく、参考にさせていただきました。

Bonferroni法、Holm法、False Discovery Rate | 大阪大学腎臓内科

www.slideshare.net

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LEfSeを実際にやってみる

Python R 菌叢解析

実際にやってみる

biobakery / biobakery / wiki / lefse — Bitbucket

サンプルファイルをsample input fileからダウンロードします。なぜか名前が129になっているので注意して下さい。このファイルの概要を書いておくと。

f:id:Razumall:20161031214748p:plain

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LEfSeをインストールする

Python 菌叢解析 R

はじめに

LEfSeとは簡単に言うと多重検定を考慮した解析を行ってくれるツールです。bioBakeryから使うこともできますし、webアプリケーションのGalaxyから使うこともできますが、最近、コチラは不安定なことが多いような気がします。

本当は僕もwebアプリケーションを使用する予定だったのですが、どうしても不安定で開けなかったのでインストールすることにしました。実は昔、インストールを試みて挫折したのですが、なんとかできました。コチラのページの " Step 4: Taxonomic biomarker discovery with LEfSe " を参考に進めていきます。

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小児固形腫瘍の腫瘍マーカー

小児外科

はじめに

小児固形腫瘍では、腫瘍マーカーが診断においても非常になってきます。成人固形腫瘍とはやや感覚が違うような印象もあります。あまり横断的に勉強することは少ないので、まとめておきます。少しずつ追記していきます。

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bioBakeryのインストール

菌叢解析 Python

はじめに

こちらのマニュアルを参考に進めていきます。

必要なソフトのインストール

1. VirtualBox

VirtualBoxをインストールします。リンク先から.pkgファイルをダウンロードしてダブルクリックします。VirtualBoxは無料の仮想化ソフトです。自分の中にまた別のOS環境を構築することができます。

2. Vagrant

Vagrantをインストールします。これもリンク先から.pkgファイル -> ダブルクリックでOKです。Vagrantに関してはまったく知りませんでしたのでQiitaから引用します。難しいのですが便利そうなのはよくわかりました。 qiita.com

これはなに?

仮想マシン(以下 "VM")を動かす仮想化ソフトの超すごいラッパーツール。 VirtualBoxなどの仮想化ソフトの操作を、ものすごく親切に代行してくれます。 VMの構成を Vagrantfile というテキストに記述してVagrantに任せることで、ネットワークドライバの設定などを意識すること無く、ホスト環境に依存しない形で整備してもらえます。

なにに使う?

ゲストOSがインストールされたVMを整備するのに使います。 Vagrant Cloud にあらかじめ用意されている「box」というVMイメージを指定してコマンドを実行するだけで、OSインストール済みのVMを作成し、ネットワーク設定やSSH環境の整備までやってくれます。 また、VMの構成内容を Vagrantfile というテキストファイルとしてコード化できます。

具体的に何がどう楽になる?

VMの構成を Vagrantfile に記述して vagrant up コマンドを実行するだけで、すぐに完全な環境を整備できます。 VirtualBoxでVMを作って、GuestAdditionsを入れて、ゲストOSをダウンロード&インストールして、sshdを立てて、SSHでログインして、ミドルウェアを入れて…といった大変な作業がバッサリカットできます。

bioBakeryをダウンロードして開く

コチラからダウンロードします。.tar.gzファイルを開くとフォルダの中にMacOSの場合は"start_biobakery.command"というファイルがありますので、これをterminalから開きます。するとインストールが始まりますが、かなり時間がかかるので心して行って下さい。6GBくらいの容量の余裕があった方がいいと思われます。

日本のダブルスペース、海外のダブルスペース

はじめに

Facebookでとある先生が「日本のダブルスペースの設定と海外のダブルスペースの設定が違うことを知らない人が多い」という旨の投稿をしたのが友人経由で流れてきました。正直、寝耳に水でした。

これはと思い、一流誌に載った論文を多数持つラボのボスにも確認したところ、予想に反して「何それ？でも気にしたことないよ」とのこと。そうなんです。結局、論文で「枚数制限」がかかることはあまりなく、どちらかというと「字数制限」なのでほとんどは体裁が違ってもスルーされているようです。

ただ、今とあるcase reportを書いているのですが、投稿しようとしている雑誌がCase reportに限っては「ダブルスペースで8枚まで」という制限が付いていたのです。ダブルスペースの設定が違うのならば、1枚に収まる行数が異なり、書ける量が大幅に違ってきます。というわけで、いろいろと調べてみて自分なりの答えを出したので、記事にしておきます。正しいかどうかは確証はありませんが…。

いろいろ調べてみた

ダブルスペースに関する記事が意外と少ないのですが、ダブルスペースの定義とは、どうやらタイプライター用語で「1行の文章に2行分の場所 ( スペース ) を確保すること」のようです。 http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q112731516 detail.chiebukuro.yahoo.co.jp

Microsoft Wordでは、このダブルスペースの書式に文書を変更するには「Ctrl+2」のショートカットを使うだけで可能という記事が見つかります。

www.lifehacker.jp

しかしこのダブルスペースの設定が間違っていて、日本独自の「ダブルスペース」の設定のようです。論文は基本的にはTimes New Roman 12ptで書くので「Ctrl+2」を押すと17行分の文章を書けることになります。初めてこの書式を見た時、いやースカスカだな？と思ったらこんな記事を見つけました。

detail.chiebukuro.yahoo.co.jp

引用すると

基本的に[ グリッド線 ]に合わせる設定は東アジア系の特徴であり、アメリカ版のような基本的仕様しかない場合には、このような設定はありません

と記載されております。

ではどうすれば、正しいダブルスペースの設定になるのか？

detail.chiebukuro.yahoo.co.jp

こちらの記事と上司からのコメントを参考にまとめてみました。

  • 用紙サイズはレターサイズに：A4やB5は日本独自の規格で、海外ではletterが標準
  • フォントはTimes New Romanの12pt
  • Ctrl+Aで全文を選択→形式→段落→行間を「固定値」「24pt」

に設定すると、1枚に25行分の文章が書ける「正しいダブルスペース」の書式になると思います。この設定にしないといけないわけではなく、多少行間が広くても何か言われることはないとは思いますが、原稿に枚数制限があるときなどはきちんと設定しないといろいろと面倒なことになりそうです。お役に立てれば。